| 航路の名称 | 所在海域 |
| 浦賀水道航路 | 東京湾中ノ瀬の南方から久里浜湾沖に至る海域 |
| 中ノ瀬航路 | 東京湾中ノ瀬の東側の海域 |
| 伊良湖水道航路 | 伊良湖水道 |
| 明石海峡航路 | 明石海峡 |
| 備讃瀬戸東航路 | 瀬戸内海のうち小豆島地蔵埼沖から豊島と男木島との間を経て小与島と小瀬居島との間に至る海域 |
| 宇高東航路 | 瀬戸内海のうち荒神島の南方から中瀬の西方に至る海域 |
| 宇高西航路 | 瀬戸内海のうち大槌島の東方から神在鼻沖に至る海域 |
| 備讃瀬戸北航路 | 瀬戸内海のうち小与島と小瀬居島との間から佐柳島と二面島との間に至る海域で牛島及び高見島の北側の海域 |
| 備讃瀬戸南航路 | 瀬戸内海のうち小与島と小瀬居島との間から二面島と粟島との間に至る海域で牛島及び高見島の南側の海域 |
| 水島航路 | 瀬戸内海のうち水島港から葛島の西方、濃地諸島の東方及び与島と本島との間を経て沙弥島の北方に至る海域 |
| 来島海峡航路 | 瀬戸内海のうち大島と今治港との間から来島海峡を経て大下島の南方に至る海域 |