| 局 | 課及び上席調査官 | 事務分掌事項 |
| 第一局 | 財務検査第一課 | 決算、債権及び物品の検査の総括 国会、内閣、内閣府（他の課（上席調査官を含む。以下同じ。）の所掌に属する分を除く。）、財務省（他の課の所掌に属する分を除く。）、日本銀行、預金保険機構、農水産業協同組合貯金保険機構、独立行政法人国立公文書館、独立行政法人国民生活センター及び独立行政法人北方領土問題対策協会その他国が資本金の二分の一以上を出資している法人（他の課の所掌に属する分を除く。）並びに公益財団法人総合研究開発機構の検査に関する事務 国の特別会計に係る経理に関する検査のうち横断的な処理を要するものとして事務総長から特に命ぜられた事項の検査に関する事務 |
| 財務検査第二課 | 国有財産の検査の総括 会計検査院、人事院、宮内庁、公正取引委員会、財務省理財局の所掌に属する国有財産、貨幣回収準備資金に係る経理、財務省の財政投融資特別会計特定国有財産整備勘定に係る経理（他の課の所掌に属する分を除く。）、日本たばこ産業株式会社、独立行政法人造幣局、独立行政法人国立印刷局、独立行政法人日本万国博覧会記念機構及び財団法人塩事業センターの検査に関する事務 | |
| 司法検査課 | 裁判所、法務省及び日本司法支援センターの検査に関する事務 | |
| 総務検査課 | 国家公安委員会、復興庁、総務省（他の課の所掌に属する分を除く。）、財政融資資金の地方債及び地方公共団体に対する貸付けに係る経理、自動車安全運転センター並びに地方公共団体金融機構の検査に関する事務 検査を受けるものの地方公共団体に対する補助金等に係る経理その他の地方公共団体に係る経理に関する検査のうち横断的な処理を要するものとして事務総長から特に命ぜられた事項の検査に関する事務 検査を受けるものの東日本大震災からの復興に関する事業に係る経理に関する検査のうち横断的な処理を要するものとして事務総長から特に命ぜられた事項の検査に関する事務 | |
| 外務検査課 | 外務省、独立行政法人国際協力機構及び独立行政法人国際交流基金の検査に関する事務 | |
| 租税検査第一課 | 租税検査の総括 財務省大臣官房会計課の国税収納金整理資金に係る経理、財務省主税局及び関税局（他の課の所掌に属する分を除く。）、国税庁（他の課の所掌に属する分を除く。）、函館、東京、横浜各税関、独立行政法人酒類総合研究所並びに輸出入・港湾関連情報処理センター株式会社の検査に関する事務 | |
| 租税検査第二課 | 名古屋、大阪、広島、高松、福岡、熊本各国税局及び沖縄国税事務所並びに名古屋、大阪、神戸、門司、長崎各税関及び沖縄地区税関の検査に関する事務 | |
| 第二局 | 厚生労働検査第一課 | 厚生労働省（他の課の所掌に属する分を除く。）、独立行政法人福祉医療機構、独立行政法人国立重度知的障害者総合施設のぞみの園、独立行政法人労働者健康福祉機構、独立行政法人国立病院機構、独立行政法人医薬品医療機器総合機構、独立行政法人医薬基盤研究所、独立行政法人国立がん研究センター、独立行政法人国立循環器病研究センター、独立行政法人国立精神・神経医療研究センター、独立行政法人国立国際医療研究センター、独立行政法人国立成育医療研究センター及び独立行政法人国立長寿医療研究センターの検査に関する事務 |
| 厚生労働検査第二課 | 厚生労働省労働基準局、職業安定局、職業能力開発局及び雇用均等・児童家庭局（雇用均等等に係る経理）、中央労働委員会、独立行政法人労働安全衛生総合研究所、独立行政法人勤労者退職金共済機構、独立行政法人高齢・障害・求職者雇用支援機構並びに独立行政法人労働政策研究・研修機構の検査に関する事務 | |
| 厚生労働検査第三課 | 厚生労働省老健局及び保険局並びに全国健康保険協会の医療給付に係る経理の検査に関する事務 | |
| 厚生労働検査第四課 | 厚生労働省年金局、独立行政法人年金・健康保険福祉施設整理機構、年金積立金管理運用独立行政法人、全国健康保険協会（他の課の所掌に属する分を除く。）及び日本年金機構の検査に関する事務 | |
| 防衛検査第一課 | 防衛省（他の課の所掌に属する分を除き、財務省から委任された財政投融資特別会計特定国有財産整備勘定に係る経理を含む。）及び独立行政法人駐留軍等労働者労務管理機構の検査に関する事務 | |
| 防衛検査第二課 | 海上幕僚監部、海上自衛隊の部隊及び機関、技術研究本部の海上自衛隊関係の経理並びに装備施設本部及び地方防衛局の海上自衛隊関係の装備品等の調達、補給及び管理並びに役務の調達に係る経理の検査に関する事務 | |
| 防衛検査第三課 | 航空幕僚監部、航空自衛隊の部隊及び機関、技術研究本部の航空自衛隊関係の経理並びに装備施設本部及び地方防衛局の航空自衛隊関係の装備品等の調達、補給及び管理並びに役務の調達に係る経理の検査に関する事務 | |
| 第三局 | 国土交通検査第一課 | 国土交通省（他の課の所掌に属する分を除く。）、独立行政法人土木研究所、独立行政法人建築研究所及び独立行政法人都市再生機構の検査に関する事務 |
| 国土交通検査第二課 | 国土交通省港湾局及び航空局、航空保安大学校、独立行政法人港湾空港技術研究所、独立行政法人電子航法研究所、独立行政法人航空大学校、独立行政法人空港周辺整備機構、成田国際空港株式会社、新関西国際空港株式会社並びに中部国際空港株式会社の検査に関する事務 | |
| 国土交通検査第三課 | 国土交通省水管理・国土保全局（他の課の所掌に属する分を除く。）及び独立行政法人水資源機構の検査に関する事務 | |
| 国土交通検査第四課 | 国土交通省道路局の検査に関する事務 | |
| 国土交通検査第五課 | 国土交通省鉄道局、自動車局及び海事局、海難審判所、観光庁、気象庁、海上保安庁、運輸安全委員会、独立行政法人交通安全環境研究所、独立行政法人海上技術安全研究所、独立行政法人航海訓練所、独立行政法人海技教育機構、自動車検査独立行政法人、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構、独立行政法人国際観光振興機構、独立行政法人自動車事故対策機構、東京地下鉄株式会社、北海道旅客鉄道株式会社、四国旅客鉄道株式会社、九州旅客鉄道株式会社並びに日本貨物鉄道株式会社の検査に関する事務 | |
| 環境検査課 | 国土交通省都市局及び水管理・国土保全局下水道部、環境省（他の課の所掌に属する分を除く。）、独立行政法人国立環境研究所、独立行政法人環境再生保全機構、日本環境安全事業株式会社、日本下水道事業団並びに一般財団法人民間都市開発推進機構の検査に関する事務 | |
| 上席調査官（道路担当） | 東日本高速道路株式会社、中日本高速道路株式会社、西日本高速道路株式会社、本州四国連絡高速道路株式会社、独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構、首都高速道路株式会社及び阪神高速道路株式会社の検査に関する事務 | |
| 第四局 | 文部科学検査第一課 | 文部科学省（他の課の所掌に属する分を除く。）、日本私立学校振興・共済事業団、独立行政法人科学技術振興機構、独立行政法人日本学術振興会、国立大学法人法別表第一に掲げる国立大学法人及び同法別表第二に掲げる大学共同利用機関法人並びに独立行政法人国立大学財務・経営センターの検査に関する事務 |
| 文部科学検査第二課 | 文部科学省の地方公共団体に対する補助金等に係る経理その他の地方公共団体に係る経理に関する検査に関する事務 独立行政法人国立特別支援教育総合研究所、独立行政法人大学入試センター、独立行政法人国立女性教育会館、独立行政法人国立科学博物館、独立行政法人国立美術館、独立行政法人教員研修センター、独立行政法人日本スポーツ振興センター、独立行政法人日本芸術文化振興会、独立行政法人日本学生支援機構、独立行政法人国立高等専門学校機構、独立行政法人大学評価・学位授与機構、独立行政法人国立青少年教育振興機構、独立行政法人国立文化財機構及び放送大学学園の検査に関する事務 | |
| 上席調査官（文部科学担当） | 独立行政法人物質・材料研究機構、独立行政法人防災科学技術研究所、独立行政法人放射線医学総合研究所、独立行政法人理化学研究所、独立行政法人宇宙航空研究開発機構、独立行政法人海洋研究開発機構及び独立行政法人日本原子力研究開発機構の検査に関する事務 | |
| 農林水産検査第一課 | 農林水産省（他の課の所掌に属する分を除く。）、独立行政法人農林水産消費安全技術センター、独立行政法人種苗管理センター、株式会社農林漁業成長産業化支援機構及び独立行政法人農業者年金基金の検査に関する事務 | |
| 農林水産検査第二課 | 農林水産省農村振興局の検査に関する事務 | |
| 農林水産検査第三課 | 農林水産省生産局畜産部、水産庁、日本中央競馬会、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人水産総合研究センター及び独立行政法人農畜産業振興機構の検査に関する事務 | |
| 農林水産検査第四課 | 農林水産省農林水産技術会議、林野庁、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所の検査に関する事務 | |
| 第五局 | 情報通信検査課 | 総務省情報通信国際戦略局、情報流通行政局及び総合通信基盤局、情報通信政策研究所並びに独立行政法人情報通信研究機構の検査に関する事務＊検査を受けるものの情報通信に係る経理に関する検査のうち横断的な処理を要するものとして事務総長から特に命ぜられた事項の検査に関する事務 |
| 上席調査官（情報通信担当） | 日本放送協会及び日本電信電話株式会社の検査に関する事務 | |
| 経済産業検査第一課 | 経済産業省（他の課の所掌に属する分を除く。）、独立行政法人日本貿易保険、独立行政法人産業技術総合研究所、独立行政法人製品評価技術基盤機構、独立行政法人日本貿易振興機構、独立行政法人情報処理推進機構、独立行政法人中小企業基盤整備機構及び株式会社産業革新機構の検査に関する事務 | |
| 経済産業検査第二課 | 経済産業省のエネルギー対策特別会計に係る経理、資源エネルギー庁、原子力規制委員会、独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構、独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構、原子力損害賠償支援機構及び日本アルコール産業株式会社の検査に関する事務 | |
| 上席調査官（融資機関担当） | 沖縄振興開発金融公庫、株式会社日本政策金融公庫、株式会社国際協力銀行、独立行政法人農林漁業信用基金、独立行政法人奄美群島振興開発基金、独立行政法人住宅金融支援機構、株式会社日本政策投資銀行、株式会社民間資金等活用事業推進機構及び株式会社商工組合中央金庫の検査に関する事務 | |
| 上席調査官（郵政担当） | 日本郵政株式会社及び独立行政法人郵便貯金・簡易生命保険管理機構の検査に関する事務 | |
| 特別検査課 | 国会法第百五条（同法第五十四条の四第一項において準用する場合を含む。以下同じ。）の規定による要請に係る国の会計経理に関する特定の事項その他の事務総長から国の会計経理に関する事項として特に命ぜられた事項の検査に関する事務 | |
| 上席調査官（特別検査担当） | 国会法第百五条の規定による要請に係る国以外のものの会計経理に関する特定の事項その他の事務総長から国以外のものの会計経理に関する事項として特に命ぜられた事項の検査に関する事務 |