| 都道府県 | 港湾 |
| 北海道 | 稚内 |
| 北海道 | 留萌 |
| 北海道 | 小樽 |
| 北海道 | 函館 |
| 北海道 | 室蘭 |
| 北海道 | 苫小牧 |
| 北海道 | 釧路 |
| 青森 | 青森 |
| 青森 | 八戸 |
| 岩手 | 久慈 |
| 岩手 | 宮古 |
| 岩手 | 釜石 |
| 岩手 | 大船渡 |
| 宮城 | 石巻 |
| 宮城 | 仙台塩釜 |
| 福島 | 小名浜 |
| 秋田 | 秋田船川 |
| 山形 | 酒田 |
| 新潟 | 新潟 |
| 新潟 | 両津 |
| 新潟 | 直江津 |
| 茨城 | 日立 |
| 茨城 | 鹿島 |
| 千葉 | 木更津 |
| 千葉 | 千葉 |
| 東京 神奈川 | 京浜 |
| 神奈川 | 横須賀 |
| 静岡 | 田子の浦 |
| 静岡 | 清水 |
| 愛知 | 三河 |
| 愛知 | 衣浦 |
| 愛知 | 名古屋 |
| 三重 | 四日市 |
| 富山 | 伏木富山 |
| 石川 | 七尾 |
| 石川 | 金沢 |
| 福井 | 敦賀 |
| 京都 | 舞鶴 |
| 京都 | 宮津 |
| 和歌山 | 和歌山下津 |
| 大阪 | 阪南 |
| 大阪 | 大阪 |
| 兵庫 | 尼崎西宮芦屋 |
| 兵庫 | 神戸 |
| 兵庫 | 東播磨 |
| 兵庫 | 姫路 |
| 徳島 | 徳島小松島 |
| 香川 | 高松 |
| 香川 | 坂出 |
| 愛媛 | 新居浜 |
| 愛媛 | 今治 |
| 愛媛 | 松山 |
| 愛媛 | 郡中 |
| 高知 | 高知 |
| 岡山 | 岡山 |
| 岡山 | 宇野 |
| 岡山 | 水島 |
| 岡山 | 笠岡 |
| 広島 | 福山 |
| 広島 | 尾道糸崎 |
| 広島 | 呉 |
| 広島 | 広島 |
| 鳥取 島根 | 境 |
| 山口 | 岩国 |
| 山口 | 徳山下松 |
| 山口 | 三田尻中関 |
| 山口 | 宇部 |
| 山口 | 小野田 |
| 山口 福岡 | 関門 |
| 福岡 | 苅田 |
| 福岡 | 博多 |
| 福岡 | 大牟田 |
| 福岡 | 三池 |
| 佐賀 | 唐津 |
| 佐賀・長崎 | 伊万里 |
| 長崎 | 臼浦 |
| 長崎 | 相浦 |
| 長崎 | 佐世保 |
| 長崎 | 長崎 |
| 熊本 | 三角 |
| 熊本 | 八代 |
| 熊本 | 水俣 |
| 大分 | 大分 |
| 大分 | 津久見 |
| 大分 | 佐伯 |
| 宮崎 | 細島 |
| 宮崎 | 油津 |
| 鹿児島 | 鹿児島 |
| 鹿児島 | 名瀬 |
| 沖縄 | 運天 |
| 沖縄 | 那覇 |
| 沖縄 | 平良 |
| 沖縄 | 石垣 |
| 港湾 | 港湾の水域 |
| 京浜 | 港則法施行令に規定する京浜港の水域のほか、江戸川口右岸突端から総武本線江戸川橋りように至る同川右岸の線、同橋りようから総武本線、東北本線、東海道本線及び根岸線に沿つて根岸線中村川橋りように至る線、同橋りようから堀川口左岸突端に至る中村川及び堀川左岸の線並びに陸岸により囲まれた区域内にある河川及び運河の水面並びに総武本線江戸川橋りよう下流の東京都の区域内の江戸川、潮止橋下流の中川及び新中川、手代橋下流の綾瀬川、笹目橋下流の荒川及び旧中川、芝宮橋下流の新河岸川及び隅田川、多摩川大橋下流の多摩川、平沼橋下流の帷子川、花園橋下流の新大岡川並びに亀の橋下流の中村川及び堀川の水面 |
| 伏木富山 | 港則法施行令に規定する伏木富山港の水域のほか、富岩運河の水面 |
| 大阪 | 大阪北港北灯台（北緯三四度四〇分二四秒東経一三五度二四分九秒）から一〇度二、七六〇メートルの地点から二一四度七、〇〇〇メートルの地点まで引いた線、同地点から二一八度三〇分四、七五〇メートルの地点まで引いた線、同地点から一五一度三〇分四二〇メートルの地点まで引いた線、同地点から二一四度五、九九〇メートルの地点まで引いた線、同地点から一三〇度に引いた線及び陸岸により囲まれた海面、神崎川口右岸突端から一般国道二号の神崎大橋に至る同川右岸の線、同橋から一般国道二号及び一般国道二十六号に沿つて一般国道二十六号の新大和橋に至る線、同橋から大和川口右岸突端に至る同川右岸の線並びに陸岸により囲まれた区域内にある河川及び運河の水面、左門殿川辰巳橋及び中島川中島出来島橋各下流の大阪市の区域内の河川水面、東経一三五度二七分三八秒の線から下流の大和川水面並びに内川放水路古川橋及び内川堅川橋各下流の河川水面 |
| 尼崎西宮芦屋 | 神戸第七防波堤東灯台（北緯三四度四〇分三四秒東経一三五度一七分四五秒）から一〇度四、八〇〇メートルの地点から一七五度七、一六〇メートルの地点まで引いた線、同地点から七三度三〇分七、二二〇メートルの地点まで引いた線、同地点から三四度三、三〇〇メートルの地点まで引いた線及び陸岸により囲まれた海面、中島川及び左門殿川左門殿橋下流の尼崎市の区域内の河川水面、旧左門殿川五合橋、蓬川蓬川橋、武庫川南武橋及び宮川汐凪橋各下流の河川水面並びに辰巳橋西端と南武橋東端とを結んだ線以南の各運河水面 |
| 神戸 | 神戸第七防波堤東灯台から一〇度四、八〇〇メートルの地点から一七五度九、八七〇メートルの地点まで引いた線、同地点から二五九度一一、九四〇メートルの地点まで引いた線、同地点から三〇一度五、四三〇メートルの地点まで引いた線、同地点から二七〇度に引いた線及び陸岸により囲まれた海面、高橋川高橋川橋、新湊川駒栄橋及び妙法寺川古川橋各下流の河川水面並びに新川運河及び兵庫運河の各運河水面 |
| 高松 | 長崎鼻、帆槌鼻及び本津川口右岸の埋立地北西端（北緯三四度二一分二六秒東経一三四度三四秒）を順次に結ぶ線並びに陸岸により囲まれた海面並びに最下流橋下流の詰田川の水面 |
| 坂出 | 沙弥島北端（北緯三四度二一分一二秒東経一三三度四九分九秒）から小瀬居島南端（北緯三四度二二分一五秒東経一三三度五一分一七秒）まで引いた線、同地点から九八度に引いた線及び陸岸により囲まれた海面 |
| 松山 | 弁天山三角点（一二九・四メートル）（北緯三三度五〇分三九秒東経一三二度四二分五五秒）から二〇九度一〇分四、七八〇メートルの地点から二七〇度八〇〇メートルの地点まで引いた線、同地点から興居島黒埼まで引いた線、同島神埼から白石ノ鼻まで引いた線及び陸岸により囲まれた海面 |
| 高知 | 港則法施行令に規定する高知港の水域のほか、稲生橋下流の下田川、土讃本線国分川橋りよう下流の国分川、山田橋下流の江ノ口川及び堀川の水面 |
| 徳山下松 | 椎木岬（北緯三四度二分五〇秒東経一三一度四一分二〇秒）から大津島丸山鼻まで引いた線、馬島金埼から笠戸島三角点（二五六メートル）（北緯三三度五六分一四秒東経一三一度四九分三五秒）まで引いた線、笠戸島鎌石岬から茶臼山山頂まで引いた線及び陸岸により囲まれた海面 |