| 一 | 二 | 三 | 四 | 五 |
| 独立行政法人勤労者退職金共済機構 | 中小企業退職金共済法第七十五条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計（同法第七十条第二項に規定する業務に係る勘定における国庫納付金にあっては、労働保険特別会計雇用勘定） |
| 独立行政法人空港周辺整備機構 | 公共用飛行場周辺における航空機騒音による障害の防止等に関する法律第二十九条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項（政府の出資に対し納付すべき額に係る部分に限る。） | 社会資本整備事業特別会計の空港整備勘定 |
| 独立行政法人国立公文書館 | 国立公文書館法第十二条第一項 | 内閣府令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人酒類総合研究所 | 独立行政法人酒類総合研究所法第十三条第一項 | 財務省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立特別支援教育総合研究所 | 独立行政法人国立特別支援教育総合研究所法第十三条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人大学入試センター | 独立行政法人大学入試センター法第十五条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立青少年教育振興機構 | 独立行政法人国立青少年教育振興機構法第十二条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立女性教育会館 | 独立行政法人国立女性教育会館法第十二条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立科学博物館 | 独立行政法人国立科学博物館法第十三条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人物質・材料研究機構 | 独立行政法人物質・材料研究機構法第十六条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人防災科学技術研究所 | 独立行政法人防災科学技術研究所法第十六条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人放射線医学総合研究所 | 独立行政法人放射線医学総合研究所法第十五条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立美術館 | 独立行政法人国立美術館法第十二条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立文化財機構 | 独立行政法人国立文化財機構法第十三条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立健康・栄養研究所 | 独立行政法人国立健康・栄養研究所法第十二条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人労働安全衛生総合研究所 | 独立行政法人労働安全衛生総合研究所法第十三条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計（労働者災害補償保険法第二十九条第一項の社会復帰促進等事業として行われる業務に係る経理における国庫納付金にあっては、労働保険特別会計労災勘定） |
| 独立行政法人農林水産消費安全技術センター | 独立行政法人農林水産消費安全技術センター法第十一条第一項 | 農林水産省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人種苗管理センター | 独立行政法人種苗管理センター法第十二条第一項 | 農林水産省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人家畜改良センター | 独立行政法人家畜改良センター法第十二条第一項 | 農林水産省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人水産大学校 | 独立行政法人水産大学校法第十二条第一項 | 農林水産省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人農業生物資源研究所 | 独立行政法人農業生物資源研究所法第十二条第一項 | 農林水産省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人農業環境技術研究所 | 独立行政法人農業環境技術研究所法第十二条第一項 | 農林水産省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国際農林水産業研究センター | 独立行政法人国際農林水産業研究センター法第十二条第一項 | 農林水産省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人森林総合研究所 | 独立行政法人森林総合研究所法第十二条第一項 | 農林水産省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人水産総合研究センター | 独立行政法人水産総合研究センター法第十四条第一項 | 農林水産省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人経済産業研究所 | 独立行政法人経済産業研究所法第十三条第一項 | 経済産業省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人工業所有権情報・研修館 | 独立行政法人工業所有権情報・研修館法第十二条第一項 | 経済産業省令 | 同条第三項 | 特許特別会計 |
| 独立行政法人産業技術総合研究所 | 独立行政法人産業技術総合研究所法第十二条第一項 | 経済産業省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人製品評価技術基盤機構 | 独立行政法人製品評価技術基盤機構法第十二条第一項 | 経済産業省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人土木研究所 | 独立行政法人土木研究所法第十四条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人建築研究所 | 独立行政法人建築研究所法第十三条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人交通安全環境研究所 | 独立行政法人交通安全環境研究所法第十六条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 一般会計（同法第十二条第三号及び第四号に掲げる業務（これに附帯する業務を含む。）に係る経理における国庫納付金にあっては、自動車安全特別会計の自動車検査登録勘定） |
| 独立行政法人海上技術安全研究所 | 独立行政法人海上技術安全研究所法第十二条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人港湾空港技術研究所 | 独立行政法人港湾空港技術研究所法第十二条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人電子航法研究所 | 独立行政法人電子航法研究所法第十三条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人航海訓練所 | 独立行政法人航海訓練所法第十二条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人海技教育機構 | 独立行政法人海技教育機構法第十二条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人航空大学校 | 独立行政法人航空大学校法第十三条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立環境研究所 | 独立行政法人国立環境研究所法第十二条第一項 | 環境省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人駐留軍等労働者労務管理機構 | 独立行政法人駐留軍等労働者労務管理機構法第十一条第一項 | 防衛省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 自動車検査独立行政法人 | 自動車検査独立行政法人法第十六条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 自動車安全特別会計の自動車検査登録勘定 |
| 独立行政法人統計センター | 独立行政法人統計センター法第十三条第一項 | 総務省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人教員研修センター | 独立行政法人教員研修センター法第十一条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国民生活センター | 独立行政法人国民生活センター法第四十三条第一項 | 内閣府令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人農畜産業振興機構 | 独立行政法人農畜産業振興機構法第十三条第一項 | 農林水産省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人農業者年金基金 | 独立行政法人農業者年金基金法第六十三条第一項 | 農林水産省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人農林漁業信用基金 | 独立行政法人農林漁業信用基金法第十六条第一項 | 農林水産省令・財務省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人北方領土問題対策協会 | 独立行政法人北方領土問題対策協会法第十三条第一項 | 内閣府令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国際協力機構 | 独立行政法人国際協力機構法第三十一条第一項 | 外務省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国際交流基金 | 独立行政法人国際交流基金法第十四条第一項 | 外務省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人日本学術振興会 | 独立行政法人日本学術振興会法第二十条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人理化学研究所 | 独立行政法人理化学研究所法第十七条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人日本スポーツ振興センター | 独立行政法人日本スポーツ振興センター法第二十四条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人日本芸術文化振興会 | 独立行政法人日本芸術文化振興会法第十五条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人福祉医療機構 | 独立行政法人福祉医療機構法第十六条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第四項及び第五項 | 一般会計（同法第十二条第一項第十二号に掲げる業務（これに附帯する業務を含む。）に係る勘定における国庫納付金にあっては年金特別会計の業務勘定、同項第十三号に掲げる業務（これに附帯する業務を含む。）に係る勘定における国庫納付金にあっては労働保険特別会計の労災勘定） |
| 独立行政法人国立重度知的障害者総合施設のぞみの園 | 独立行政法人国立重度知的障害者総合施設のぞみの園法第十二条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人労働政策研究・研修機構 | 独立行政法人労働政策研究・研修機構法第十四条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計（労働者災害補償保険法による労働者災害補償保険事業として行われる業務に係る経理における国庫納付金にあっては労働保険特別会計労災勘定、雇用保険法による雇用保険事業として行われる業務に係る経理における国庫納付金にあっては労働保険特別会計雇用勘定） |
| 独立行政法人労働者健康福祉機構 | 独立行政法人労働者健福祉機構法第十三条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 労働保険特別会計労災勘定 |
| 独立行政法人日本貿易振興機構 | 独立行政法人日本貿易振興機構法第十三条第一項 | 経済産業省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人原子力安全基盤機構 | 独立行政法人原子力安全基盤機構法第十五条第一項 | 原子力規制委員会規則 | 同条第三項 | 一般会計（同法第十四条第一号の業務に係る勘定における国庫納付金にあってはエネルギー対策特別会計の電源開発促進勘定） |
| 独立行政法人国際観光振興機構 | 独立行政法人国際観光振興機構法第十条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人水資源機構 | 独立行政法人水資源機構法第三十一条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人自動車事故対策機構 | 独立行政法人自動車事故対策機構法第十五条第一項 | 国土交通省令 | 同条第三項 | 自動車安全特別会計の自動車事故対策勘定 |
| 独立行政法人国立病院機構 | 独立行政法人国立病院機構法第十五条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人環境再生保全機構 | 独立行政法人環境再生保全機構法第十三条第一項 | 環境省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人日本学生支援機構 | 独立行政法人日本学生支援機構法第十八条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人海洋研究開発機構 | 独立行政法人海洋研究開発機構法第十八条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立高等専門学校機構 | 独立行政法人国立高等専門学校機構法第十三条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人大学評価・学位授与機構 | 独立行政法人大学評価・学位授与機構法第十七条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立大学財務・経営センター | 独立行政法人国立大学財務・経営センター法第十五条第一項 | 文部科学省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構 | 独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構法第二十一条第三項 | 国土交通省令 | 同条第五項 | 一般会計 |
| 独立行政法人日本原子力研究開発機構 | 独立行政法人日本原子力研究開発機構法第二十一条第一項 | 文部科学省令・経済産業省令 | 同条第三項 | 一般会計（同法第二十条第一項第一号の業務に係る勘定における国庫納付金にあっては、エネルギー対策特別会計の電源開発促進勘定） |
| 独立行政法人国立がん研究センター | 高度専門医療に関する研究等を行う独立行政法人に関する法律第二十条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立循環器病研究センター | 高度専門医療に関する研究等を行う独立行政法人に関する法律第二十条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立精神・神経医療研究センター | 高度専門医療に関する研究等を行う独立行政法人に関する法律第二十条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立国際医療研究センター | 高度専門医療に関する研究等を行う独立行政法人に関する法律第二十条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立成育医療研究センター | 高度専門医療に関する研究等を行う独立行政法人に関する法律第二十条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計 |
| 独立行政法人国立長寿医療研究センター | 高度専門医療に関する研究等を行う独立行政法人に関する法律第二十条第一項 | 厚生労働省令 | 同条第三項 | 一般会計 |