一 河川
イ 北上川水系の北上川
ロ 阿武隈川水系の阿武隈川
ハ 那珂川水系の那珂川
ニ 利根川水系の利根川
ホ 利根川水系の常陸利根川
へ 利根川水系の北浦
ト 利根川水系の霞ケ浦
チ 利根川水系の鬼怒川
リ 利根川水系の江戸川（埼玉県、千葉県及び東京都に係るもの。）
ヌ 利根川水系の旧江戸川
ル 利根川水系の中川（埼玉県及び東京都に係るもの。）
ラ 利根川水系の綾瀬川
ワ 利根川水系の渡良瀬川
カ 利根川水系の神流川
ヨ 荒川水系（埼玉県及び東京都に係るもの。）の荒川
タ 多摩川水系の多摩川
レ 相模川水系の相模川（桂川を含む。）
ソ 阿賀野川水系の阿賀野川
ツ 信濃川水系の信濃川
ネ 富士川水系の富士川
ナ 天竜川水系の天竜川
ラ 木曾川水系の木曾川
ム 木曾川水系の揖斐川
ウ 木曾川水系の長良川
ヰ 淀川水系の淀川（宇治川及び瀬田川を含む。）
ノ 淀川水系の神崎川（大阪府及び兵庫県に係るもの。）
オ 淀川水系の猪名川
ク 淀川水系の木津川（三重県、京都府及び奈良県に係るもの。）
ヤ 淀川水系の琵琶湖
マ 大和川水系の大和川
ケ 紀の川水系の紀の川
フ 江の川水系の江の川
コ 小瀬川水系の小瀬川
エ 吉野川水系の吉野川
テ 山国川水系の山国川
ア 筑後川水系の筑後川
サ 筑後川水系の宝満川
二 海域
イ 館山市洲埼から三浦市剣埼まで引いた線及び陸岸により囲まれた海域
ロ 愛知県羽豆岬から同県篠島北端まで引いた線、同島南端から同県伊良湖岬まで引いた線、同地点から三重県大王埼まで引いた線及び陸岸により囲まれた海域
ハ 和歌山市田倉埼から兵庫県淡路島生石鼻まで引いた線、同島松帆埼から明石市朝霧川河口左岸まで引いた線及び陸岸により囲まれた海域
ニ 相生市金ケ埼から兵庫県西島手繰干埼まで引いた線、同地点から香川県小豆島藤埼まで引いた線、同地点から岡山県猪ノ鼻まで引いた線及び陸岸により囲まれた海域
ホ 玉野市出埼から香川県井島ヘラガ埼まで引いた線、同島鞍掛鼻から同県豊島ダーダガ鼻まで引いた線、同島礼田埼から高松市長崎鼻まで引いた線、福山市狐埼から同市宇治島西端まで引いた線、同島南端から香川県三埼まで引いた線及び陸岸により囲まれた海域
へ 香川県三埼から四国中央市関谷鼻まで引いた線及び陸岸により囲まれた海域
ト 福山市狐埼から愛媛県高井神島宮ノ越鼻まで引いた線、同島金ノ弦鼻から今治市大崎ノ鼻まで引いた線、広島県赤埼から同県大崎上島尾辺ケ鼻まで引いた線、同島観音鼻から愛媛県梶取ノ鼻まで引いた線及び陸岸により囲まれた海域
チ 広島県鰆浜鼻から同県厳島聖埼まで引いた線、同島センゴ鼻から同県西能美島豪頭鼻まで引いた線、同県東能美島親休鼻から山口県情島黒崎鼻まで引いた線、同地点から同県屋代島瀬戸ノ鼻まで引いた線、同島明神鼻から同県瀬戸山鼻まで引いた線及び陸岸により囲まれた海域
リ 宇部市黒埼から大分県長埼まで引いた線、下関市網代鼻から北九州市八幡埼まで引いた線及び陸岸により囲まれた海域
ヌ 諫早湾潮受堤防、長崎県瀬詰埼から熊本県天草下島シラタケ鼻まで引いた線、同島と同県天草上島を結ぶ瀬戸大橋、同島と同県前島を結ぶ松島橋、同島と同県大池島を結ぶ前島橋、同島と同県永浦島を結ぶ中の橋、同島と同県大矢野島を結ぶ大矢野橋、同島と同県宇土半島を結ぶ天門橋及び陸岸により囲まれた海域