| 名称 | 根拠法 |
| 独立行政法人日本貿易保険 | 貿易保険法 |
| 独立行政法人情報通信研究機構 | 独立行政法人情報通信研究機構法 |
| 独立行政法人酒類総合研究所 | 独立行政法人酒類総合研究所法 |
| 独立行政法人国立特別支援教育総合研究所 | 独立行政法人国立特別支援教育総合研究所法 |
| 独立行政法人大学入試せんたー | 独立行政法人大学入試せんたー法 |
| 独立行政法人国立青少年教育振興機構 | 独立行政法人国立青少年教育振興機構法 |
| 独立行政法人国立女性教育会館 | 独立行政法人国立女性教育会館法 |
| 独立行政法人国立科学博物館 | 独立行政法人国立科学博物館法 |
| 独立行政法人物質・材料研究機構 | 独立行政法人物質・材料研究機構法 |
| 独立行政法人防災科学技術研究所 | 独立行政法人防災科学技術研究所法 |
| 独立行政法人放射線医学総合研究所 | 独立行政法人放射線医学総合研究所法 |
| 独立行政法人国立美術館 | 独立行政法人国立美術館法 |
| 独立行政法人国立文化財機構 | 独立行政法人国立文化財機構法 |
| 独立行政法人国立健康・栄養研究所 | 独立行政法人国立健康・栄養研究所法 |
| 独立行政法人労働安全衛生総合研究所 | 独立行政法人労働安全衛生総合研究所法 |
| 独立行政法人種苗管理せんたー | 独立行政法人種苗管理せんたー法 |
| 独立行政法人家畜改良せんたー | 独立行政法人家畜改良せんたー法 |
| 独立行政法人水産大学校 | 独立行政法人水産大学校法 |
| 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 | 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法 |
| 独立行政法人農業生物資源研究所 | 独立行政法人農業生物資源研究所法 |
| 独立行政法人農業環境技術研究所 | 独立行政法人農業環境技術研究所法 |
| 独立行政法人国際農林水産業研究せんたー | 独立行政法人国際農林水産業研究せんたー法 |
| 独立行政法人森林総合研究所 | 独立行政法人森林総合研究所法 |
| 独立行政法人水産総合研究せんたー | 独立行政法人水産総合研究せんたー法 |
| 独立行政法人経済産業研究所 | 独立行政法人経済産業研究所法 |
| 独立行政法人工業所有権情報・研修館 | 独立行政法人工業所有権情報・研修館法 |
| 独立行政法人産業技術総合研究所 | 独立行政法人産業技術総合研究所法 |
| 独立行政法人土木研究所 | 独立行政法人土木研究所法 |
| 独立行政法人建築研究所 | 独立行政法人建築研究所法 |
| 独立行政法人交通安全環境研究所 | 独立行政法人交通安全環境研究所法 |
| 独立行政法人海上技術安全研究所 | 独立行政法人海上技術安全研究所法 |
| 独立行政法人港湾空港技術研究所 | 独立行政法人港湾空港技術研究所法 |
| 独立行政法人電子航法研究所 | 独立行政法人電子航法研究所法 |
| 独立行政法人航海訓練所 | 独立行政法人航海訓練所法 |
| 独立行政法人海技教育機構 | 独立行政法人海技教育機構法 |
| 独立行政法人航空大学校 | 独立行政法人航空大学校法 |
| 独立行政法人国立環境研究所 | 独立行政法人国立環境研究所法 |
| 自動車検査独立行政法人 | 自動車検査独立行政法人法 |
| 独立行政法人教員研修せんたー | 独立行政法人教員研修せんたー法 |
| 独立行政法人海洋研究開発機構 | 独立行政法人海洋研究開発機構法 |
| 独立行政法人国立高等専門学校機構 | 独立行政法人国立高等専門学校機構法 |
| 独立行政法人大学評価・学位授与機構 | 独立行政法人大学評価・学位授与機構法 |
| 独立行政法人国立大学財務・経営せんたー | 独立行政法人国立大学財務・経営せんたー法 |
| 独立行政法人国立がん研究せんたー | 高度専門医療に関する研究等を行う独立行政法人に関する法律 |
| 独立行政法人国立循環器病研究せんたー | |
| 独立行政法人国立精神・神経医療研究せんたー | |
| 独立行政法人国立国際医療研究せんたー | |
| 独立行政法人国立成育医療研究せんたー | |
| 独立行政法人国立長寿医療研究せんたー |