| 科名 | 種名 |
| 動物界 | |
| 一 鳥綱 きじ目 | |
| きじ科 | エゾライチョウ（テトラステス・ボナスィア） ヤマドリ（スィルマティクス・ソエンメルリンギィ）（亜種コシジロヤマドリ（スィルマティクス・ソエンメルリンギィ・イジマエ）を除く。） キジ（ファスィアヌス・コロキクス） コジュケイ（バンブスィコラ・トラキクス） |
| かも目 | |
| かも科 | ヨシガモ（アナス・ファルカタ） ヒドリガモ（アナス・ペネロペ） マガモ（アナス・プラテュリュンコス） カルガモ（アナス・ゾノリュンカ） ハシビロガモ（アナス・クリュペアタ） オナガガモ（アナス・アクタ） コガモ（アナス・クレカ） ホシハジロ（アイテュア・フェリナ） キンクロハジロ（アイテュア・フリグラ） スズガモ（アイテュア・マリラ） クロガモ（メラニタ・アメリカナ） |
| はと目 | |
| はと科 | キジバト（ストレプトペリア・オリエンタリス） |
| かつおどり目 | |
| う科 | カワウ（ファラクロコラクス・カルボ） |
| ぺりかん目 | |
| さぎ科 | ゴイサギ（ニュクティコラクス・ニュクティコラクス） |
| つる目 | |
| くいな科 | バン（ガルリヌラ・クロロプス） |
| ちどり目 | |
| しぎ科 | ヤマシギ（スコロパクス・ルスティコラ） タシギ（ガルリナゴ・ガルリナゴ） |
| すずめ目 | |
| からす科 | ミヤマガラス（コルヴス・フルギレグス） ハシボソガラス（コルヴス・コロネ） ハシブトガラス（コルヴス・マクロリュンコス） |
| ひよどり科 | ヒヨドリ（ヒプスィペテス・アマウロティス） |
| むくどり科 | ムクドリ（スポディオプサル・キネラケウス） |
| すずめ科 | ニュウナイスズメ（パセル・ルティランス） スズメ（パセル・モンタヌス） |
| 二 哺乳綱 ねこ目 | |
| いぬ科 | タヌキ（ニュクテレウテス・プロキオニデス） |
| キツネ（ヴルペス・ヴルペス） | |
| ノイヌ（カニス・ファミリアリス） | |
| ねこ科 | ノネコ（フェリス・カトゥス） |
| いたち科 | テン（マルテス・メランプス）（亜種ツシマテン（マルテス・メランプス・ツエンスィス）を除く。） |
| イタチ（ムステラ・イタツィ）（オスに限る。） | |
| チョウセンイタチ（ムステラ・スィビリカ）（オスに限る。） | |
| ミンク（ムステラ・ヴィソン） | |
| アナグマ（メレス・メレス） | |
| あらいぐま科 | アライグマ（プロキオン・ロトル） |
| くま科 | ヒグマ（ウルスス・アルクトス） |
| ツキノワグマ（ウルスス・ティベタヌス） | |
| じゃこうねこ科 | ハクビシン（パグマ・ラルヴァタ） |
| うし目 | |
| いのしし科 | イノシシ（スス・スクロファ） |
| しか科 | ニホンジカ（ケルヴス・ニポン） |
| ねずみ目 | |
| りす科 | タイワンリス（カルロスキウルス・エリュトゥラエウス） |
| シマリス（タミアス・スィビリクス） | |
| ヌートリア科 | ヌートリア（ミオカストル・コイプス） |
| うさぎ目 | |
| うさぎ科 | ユキウサギ（レプス・ティミドゥス） |
| ノウサギ（レプス・ブラキュウルス） | |
| 備考 種名の後の括弧内に記載するただし書き以外の呼称は学名である。 | |
| 科名 | 種名 |
| 動物界 | |
| 一 鳥綱 きじ目 | |
| きじ科 | ライチョウ（ラゴプス・ムタ・ヤポニカ） ウズラ（コトゥルニクス・ヤポニカ） |
| かも目 | |
| かも科 | ヒシクイ（アンセル・ファバリス・セルリロストリス） カリガネ（アンセル・エリュトロプス） ハクガン（アンセル・カエルレスケンス・カエルレスケンス） シジュウカラガン（ブランタ・フトキンスィイ・レウコパレイア） コクガン（ブランタ・ベルニクラ・オリエンタリス） ツクシガモ（タドルナ・タドルナ） トモエガモ（アナス・フォルモサ） |
| ねったいちょう目 | |
| ねったいちょう科 | アカオネッタイチョウ（ファエトン・ルブリカウダ・ロトスキルディ） |
| はと目 | |
| はと科 | アカガシラカラスバト（コルンバ・ヤンティナ・ニテンス） ヨナグニカラスバト（コルンバ・ヤンティナ・ステイネゲリ） シラコバト（ストレプトペリア・デカオクト・デカオクト） キンバト（カルコファプス・インディカ・ヤマスィナイ） |
| みずなぎどり目 | |
| あほうどり科 | コアホウドリ（フォエバストリア・インムタビリス） アホウドリ（フォエバストリア・アルバトルス） |
| みずなぎどり科 | セグロミズナギドリ（プフィヌス・ルヘルミニエリ・バンネルマニ） オガサワラヒメミズナギドリ（プフィヌス・ブリュアニ） |
| うみつばめ科 | クロコシジロウミツバメ（オケアノドロマ・カストロ） ヒメクロウミツバメ（オケアノドロマ・モノリス） |
| こうのとり目 | |
| こうのとり科 | コウノトリ（キコニア・ボイキアナ） |
| かつおどり目 | |
| かつおどり科 | アカアシカツオドリ（スラ・スラ・ルブリペス） |
| う科 | ヒメウ（ファラクロコラクス・ペラギクス・ペラギクス） チシマウガラス（ファラクロコラクス・ウリレ） |
| ぺりかん目 | |
| さぎ科 | サンカノゴイ（ボタウルス・ステルラリス・ステルラリス） オオヨシゴイ（イクソブリュクス・エウリュトムス） ミゾゴイ（ゴルサキウス・ゴイサギ） ズグロミゾゴイ（ゴルサキウス・メラノロフス） |
| とき科 | トキ（ニポニア・ニポン） クロツラヘラサギ（プラタレア・ミノル） |
| つる目 | |
| つる科 | マナヅル（グルス・ヴィピオ） タンチョウ（グルス・ヤポネンスィス） ナベヅル（グルス・モナカ） |
| くいな科 | シマクイナ（コトゥルニコプス・エクスクイスィトゥス） オオクイナ（ラルリナ・エウリゾノイデス・セピアリア） ヤンバルクイナ（ガルリラルルス・オキナワエ） |
| ちどり目 | |
| ちどり科 | ハシボソシロチドリ（カラドリウス・アレクサンドリヌス・アレクサンドリヌス） シロチドリ（カラドリウス・アレクサンドリヌス・デアルバトゥス） |
| せいたかしぎ科 | セイタカシギ（ヒマントプス・ヒマントプス・ヒマントプス） |
| しぎ科 | アマミヤマシギ（スコロパクス・ミラ） コシジロオオソリハシシギ（リモサ・ラポニカ・メンズビエリ） オオソリハシシギ（リモサ・ラポニカ・バウエリ） コシャクシギ（ヌメニウス・ミヌトゥス） ホウロクシギ（ヌメニウス・マダガスカリエンスィス） ツルシギ（トリンガ・エリュトロプス） アカアシシギ（トリンガ・トタヌス・ウスリエンスィス） カラフトアオアシシギ（トリンガ・グティフェル） タカブシギ（トリンガ・グラレオラ） ヘラシギ（エウリュノリュンクス・ピュグメウス） |
| たましぎ科 | タマシギ（ロストラトゥラ・ベングハレンスィス・ベングハレンスィス） |
| つばめちどり科 | ツバメチドリ（グラレオラ・マルディヴァルム） |
| かもめ科 | ズグロカモメ（ラルス・サウンデルスィ） オオアジサシ（ステルナ・ベルギイ・クリスタタ） コアジサシ（ステルナ・アルビフロンス・スィネンスィス） ベニアジサシ（ステルナ・ドウガルリイ・バングスィ） エリグロアジサシ（ステルナ・スマトラナ） |
| うみすずめ科 | ウミガラス（ウリア・アアルゲ・イノルナタ） ケイマフリ（ケフス・カルボ） ウミスズメ（スュントリボランフス・アンティクウス） カンムリウミスズメ（スュントリボランフス・ウミズスメ） エトピリカ（フラテルクラ・キルラタ） |
| たか目 | |
| たか科 | オジロワシ（ハリアエエトゥス・アルビキルラ・アルビキルラ） オオワシ（ハリアエエトゥス・ペラギクス） カンムリワシ（スピロルニス・ケエラ・ペルプレクスス） チュウヒ（キルクス・スピロノトゥス・スピロノトゥス） リュウキュウツミ（アキピテル・グラリス・イワサキイ） オオタカ（アキピテル・ゲンティリス・フジヤマエ） サシバ（ブタストゥル・インディクス） オガサワラノスリ（ブテオ・ブテオ・トヨシマイ） イヌワシ（アクイラ・クリュサエトス・ヤポニカ） クマタカ（ニサエトゥス・ニパレンスィス・オリエンタリス） |
| ふくろう目 | |
| ふくろう科 | リュウキュウオオコノハズク（オトゥス・レンピジ・プリュエリ） ダイトウコノハズク（オトゥス・エレガンス・インテルポスィトゥス） ワシミミズク（ブボ・ブボ・ボリソウィ） シマフクロウ（ケトゥパ・ブラキストニ・ブラキストニ） キンメフクロウ（アエゴリウス・フネレウス・マグヌス） |
| ぶっぽうそう目 | |
| ぶっぽうそう科 | ブッポウソウ（エウリュストムス・オリエンタリス・カロニュクス） |
| きつつき目 | |
| きつつき科 | オーストンオオアカゲラ（デンドロコポス・レウコトス・オウストニ） ミユビゲラ（ピコイデス・トリダクテュルス・イノウイエイ） クマゲラ（ドリュオコプス・マルティウス・マルティウス） ノグチゲラ（サフェオピポ・ノグキイ） |
| はやぶさ目 | |
| はやぶさ科 | ハヤブサ（ファルコ・ペレグリヌス・ヤポネンスィス） シマハヤブサ（ファルコ・ペレグリヌス・フルイティイ） |
| すずめ目 | |
| やいろちょう科 | ヤイロチョウ（ピタ・ニュンファ） |
| さんしょうくい科 | サンショウクイ（ペリクロコトゥス・ディヴァリカトゥス・ディヴァリカトゥス） |
| もず科 | チゴモズ（ラニウス・ティグリヌス） アカモズ（ラニウス・クリスタトゥス・スペルキリオスス） |
| しじゅうから科 | ナミエヤマガラ（ポエキレ・ヴァリウス・ナミイエイ） オーストンヤマガラ（ポエキレ・ヴァリウス・オウストニ） |
| むしくい科 | イイジマムシクイ（フュルロスコプス・イジマエ） |
| めじろ科 | ハハジマメグロ（アパロプテロン・ファミリアレ・ハハスィマ） |
| せんにゅう科 | ウチヤマセンニュウ（ロクステルラ・プレスケイ） オオセッカ（ロクステルラ・プリュエリ・プリュエリ） |
| みそさざい科 | モスケミソサザイ（トログロデュテス・トログロデュテス・モスケイ） |
| ひたき科 | オオトラツグミ（ゾオテラ・ダウマ・マヨル） アカコッコ（トゥルドゥス・ケラエノプス） タネコマドリ（ルスキニア・アカヒゲ・タネンスィス） アカヒゲ（ルスキニア・コマドリ・コマドリ） ホントウアカヒゲ（ルスキニア・コマドリ・ナミイエイ） ウスアカヒゲ（ルスキニア・コマドリ・スブルフス） |
| あとり科 | オガサワラカワラヒワ（クロリス・スィニカ・キトリトズィ） |
| ほおじろ科 | シマアオジ（エンベリザ・アウレオラ・オルナタ） コジュリン（エンベリザ・イエソエンスィス・イエソエンスィス） |
| 二 哺乳綱 もぐら目 | |
| とがりねずみ科 | トウキョウトガリネズミ（ソレックス・ミヌティシムス・ハウケリ） オリイジネズミ（クロキドュラ・オリイイ） |
| もぐら科 | センカクモグラ（モゲラ・ウチダイ） エチゴモグラ（モゲラ・エティゴ） |
| こうもり目 | |
| おおこうもり科 | ダイトウオオコウモリ（プテロプス・ダスュマルルス・ダイトエンスィス） エラブオオコウモリ（プテロプス・ダスュマルルス・ダスュマルルス） オガサワラオオコウモリ（プテロプス・プセラフォン） |
| きくがしらこうもり科 | オリイコキクガシラコウモリ（リノロフス・コルヌトゥス・オリイ） オキナワコキクガシラコウモリ（リノロフス・プミルス・プミルス） ヤエヤマコキクガシラコウモリ（リノロフス・ペルディトゥス） |
| ひなこうもり科 | ウスリホオヒゲコウモリ（ミュオティス・グラキリス） クロアカコウモリ（ミュオティス・フォルモスス） クロホオヒゲコウモリ（ミュオティス・プルイノスス） ホンドノレンコウモリ（ミュオティス・ナテレリ・ボンビヌス） ヤンバルホオヒゲコウモリ（ミュオティス・ヤンバレンスィス） モリアブラコウモリ（ピピストレルルス・エンドイ） クビワコウモリ（エプテスィクス・ヤポネンスィス） ヤマコウモリ（ニュクタルス・アヴィアトル） コヤマコウモリ（ニュクタルス・フルヴス） リュウキュウユビナガコウモリ（ミニオプテルス・フスクス） リュウキュウテングコウモリ（ムリナ・リュウキュウアナ） |
| おひきこうもり科 | オヒキコウモリ（タダリダ・インスィグニス） |
| ねこ目 | |
| ねこ科 | ツシマヤマネコ（プリオナイルルス・ベンガレンスィス・エウプティルルス） イリオモテヤマネコ（プリオナイルルス・ベンガレンスィス・イリオモテンスィス） |
| あしか科 | ニホンアシカ（ザロフス・ヤポニクス） |
| あざらし科 | ゼニガタアザラシ（フォカ・ヴィトゥリナ） |
| かいぎゅう目 | |
| じゅごん科 | ジュゴン（ドゥゴング・ドゥゴン） |
| ねずみ目 | |
| ねずみ科 | セスジネズミ（アポデムス・アグラリウス） オキナワトゲネズミ（トクダイア・ムエンニンキ） アマミトゲネズミ（トクダイア・オシメンスィス） トクノシマトゲネズミ（トクダイア・トクノシメンスィス） ケナガネズミ（ディプロトリクス・レガタ） |
| うさぎ目 | |
| うさぎ科 | アマミノクロウサギ（ペンタラグス・フルネスィ） |
| 備考 括弧内に記載する呼称は、学名である。 | |