独立行政法人森林総合研究所法

この法律は、平成十三年一月六日から施行する。ただし、附則第七条の規定は、同日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。

研究所の成立の際現に農林水産省の部局又は機関で政令で定めるものの職員である者は、別に辞令を発せられない限り、研究所の成立の日において、研究所の相当の職員となるものとする。

研究所の成立の際現に前条に規定する政令で定める部局又は機関の職員である者のうち、研究所の成立の日において引き続き研究所の職員となったもの（次条において「引継職員」という。）であって、研究所の成立の日の前日において農林水産大臣又はその委任を受けた者から児童手当法第七条第一項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定による認定を受けているものが、研究所の成立の日において児童手当又は同法附則第六条第一項、第七条第一項若しくは第八条第一項の給付（以下この条において「特例給付等」という。）の支給要件に該当するときは、その者に対する児童手当又は特例給付等の支給に関しては、研究所の成立の日において同法第七条第一項の規定による市町村長（特別区の区長を含む。）の認定があったものとみなす。この場合において、その認定があったものとみなされた児童手当又は特例給付等の支給は、同法第八条第二項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、研究所の成立の日の前日の属する月の翌月から始める。

研究所の成立の際現に存する国家公務員法第百八条の二第一項に規定する職員団体であって、その構成員の過半数が引継職員であるものは、研究所の成立の際国営企業及び特定独立行政法人の労働関係に関する法律の適用を受ける労働組合となるものとする。この場合において、当該職員団体が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。

前項の規定により法人である労働組合となったものは、研究所の成立の日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。

第一項の規定により労働組合となったものについては、研究所の成立の日から起算して六十日を経過する日までは、労働組合法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。

研究所の成立の際、第十条に規定する業務に関し、現に国が有する権利及び義務のうち政令で定めるものは、研究所の成立の時において研究所が承継する。

前項の規定により研究所が国の有する権利及び義務を承継したときは、その承継の際、承継される権利に係る土地、建物その他の財産で政令で定めるものの価額の合計額に相当する金額は、政府から研究所に対し出資されたものとする。

前項の規定により政府から出資があったものとされる同項の財産の価額は、研究所の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。

前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。

研究所は、当分の間、第十一条に規定する業務のほか、独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（以下「廃止法」という。）の施行前に廃止法による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（以下「旧機構法」という。）第十一条第一項第一号又は第二号の事業の施行により開設され、改良され、又は復旧された林道（廃止法の施行前に独立行政法人緑資源機構（以下「機構」という。）がその工事に着手した林道のうちその工事の全部が完了しなかったものを含み、廃止法の施行の際現に機構が管理しているものに限る。）の維持、修繕その他の管理を行うことができる。

前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十二条第一項中「前条」とあるのは「前条及び附則第六条第一項」と、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは「第十一条及び附則第六条第一項」とする。

第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧機構法第十一条第三項及び第二十八条の規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、これらの規定中「機構」とあるのは「独立行政法人森林総合研究所」と、旧機構法第十一条第三項中「前二項」とあるのは「独立行政法人森林総合研究所法附則第六条第一項」とする。

研究所は、第十一条及び前条第一項に規定する業務のほか、旧機構法第十一条第一項に規定する業務（廃止法の施行前に機構が行った同項第一号又は第二号の事業に係る賦課金及び負担金に係るものに限る。）を行うことができる。

前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは、「第十一条及び附則第七条第一項」とする。

第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧機構法第二十一条から第二十三条までの規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、これらの規定中「機構」とあるのは、「独立行政法人森林総合研究所」とする。

研究所は、別に法律で定める日までの間、第十一条、附則第六条第一項及び前条第一項に規定する業務のほか、旧機構法第十一条第一項第六号の事業及びこれに附帯する事業を行うことができる。

前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十二条第一項中「前条」とあるのは「前条及び附則第八条第一項」と、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは「第十一条及び附則第八条第一項」とする。

第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧機構法第十一条第三項及び第六項並びに第二十八条の規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、これらの規定中「機構」とあるのは、「独立行政法人森林総合研究所」とする。

研究所は、第十一条、附則第六条第一項及び第七条第一項並びに前条第一項に規定する業務のほか、旧機構法第十一条第一項第七号から第九号までの事業で廃止法の施行前に開始されたもの（同項第七号から第九号までの事業の開始に必要な事前の調査で廃止法の施行前に開始されたものに係るもので政令で定めるものを含む。）及びこれらに附帯する事業を行うことができる。

前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十二条第一項中「前条」とあるのは「前条及び附則第九条第一項」と、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは「第十一条及び附則第九条第一項」とする。

第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧機構法第十一条第三項及び第七項、第十二条並びに第十五条から第二十八条までの規定、旧機構法第十五条第二項及び第十八条第二項において準用する旧機構法第十三条第二項の規定並びに旧機構法第十五条第二項、第十六条第二項、第十七条第二項、第十八条第二項及び第十九条第四項において準用する旧機構法第十三条第三項の規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、これらの規定中「機構」とあるのは「独立行政法人森林総合研究所」と、旧機構法第十一条第七項中「前項第一号」とあるのは「独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律による廃止前の独立行政法人緑資源機構法第十一条第六項第一号」とするほか、必要な技術的読替えは、政令で定める。

第一項の規定により研究所が旧機構法第十一条第一項第八号の事業を行う場合には、農地法第三条第一項第六号中「又は市民農園整備促進法」とあるのは「若しくは市民農園整備促進法」と、「交換分合」とあるのは「交換分合又は独立行政法人森林総合研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律による廃止前の独立行政法人緑資源機構法第十一条第一項第八号の事業の実施」とする。

研究所は、旧機構法附則第十条の規定による廃止前の緑資源公団法附則第十条第一項第二号又は第三号の規定により貸し付けられた資金に係る債権の回収が終了するまでの間、第十一条、附則第六条第一項、第七条第一項及び第八条第一項並びに前条第一項に規定する業務のほか、当該債権の管理及び回収を行うことができる。

前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは、「第十一条及び附則第十条第一項」とする。

研究所は、第十一条、附則第六条第一項、第七条第一項、第八条第一項及び第九条第一項並びに前条第一項に規定する業務のほか、森林開発公団法の一部を改正する法律附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（以下「旧農用地整備公団法」という。）第十九条第一項及び第二項の業務で森林開発公団法の一部を改正する法律の施行前に開始されたもの（同条第一項又は第二項の業務の開始に必要な事前の調査で同法の施行前に開始されたものに係るもので政令で定めるものを含む。）並びにこれらに附帯する業務を行うことができる。

前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十二条第一項中「前条」とあるのは「前条及び附則第十一条第一項」と、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは「第十一条及び附則第十一条第一項」とする。

第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧機構法第二十八条並びに旧農用地整備公団法第二十条から第二十九条まで、第三十条及び第三十九条の規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、旧機構法第二十八条中「機構」とあり、及び旧農用地整備公団法の規定中「公団」とあるのは、「独立行政法人森林総合研究所」とするほか、必要な技術的読替えは、政令で定める。

第一項の規定により研究所が旧農用地整備公団法第十九条第一項第二号の業務を行う場合には、農地法第三条第一項第六号中「又は市民農園整備促進法」とあるのは「若しくは市民農園整備促進法」と、「交換分合」とあるのは「交換分合又は独立行政法人森林総合研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法第十九条第一項第二号の業務の実施」とする。

研究所は、第十一条、附則第六条第一項、第七条第一項、第八条第一項、第九条第一項及び第十条第一項並びに前条第一項に規定する業務のほか、旧機構法附則第八条第一項に規定する業務（廃止法の施行前に機構が行った旧農用地整備公団法附則第十九条第一項の業務に係る負担金及び徴収金に係るものに限る。）を行うことができる。

前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは、「第十一条及び附則第十二条第一項」とする。

第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧農用地整備公団法附則第十九条第二項（農用地開発公団法の一部を改正する法律による改正前の農用地開発公団法第二十七条から第二十九条までに係る部分に限る。）の規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、必要な技術的読替えは、政令で定める。

附則第八条第一項、第九条第一項及び第十一条第一項に規定する業務が完了するまでの間であって、廃止法の施行の日から起算して三年を経過する日までの間に限り、第六条第一項に定めるもののほか、研究所に、役員として、監事一人を置くことができる。

附則第八条第一項に規定する業務が完了するまでの間に限り、第六条第二項に定めるもののほか、研究所に、役員として、理事二人以内を置くことができる。

附則第九条第一項及び第十一条第一項に規定する業務が完了するまでの間であって、廃止法の施行の日から起算して二年を経過する日までの間に限り、第六条第二項及び前項に定めるもののほか、研究所に、役員として、理事一人を置くことができる。

第一項の規定により置かれる監事及び前二項の規定により置かれる理事の任期は、第八条の規定にかかわらず、一年とすることができる。

研究所が附則第六条第一項、第八条第一項、第九条第一項及び第十一条第一項に規定する業務（以下「承継業務」という。）を行う間、通則法第二十二条に定めるもののほか、次の各号のいずれかに該当する者は、役員となることができない。

研究所が承継業務を行う間、研究所の役員の解任に関する通則法第二十三条第一項の規定の適用については、同項中「前条」とあるのは、「前条及び独立行政法人森林総合研究所法附則第十三条第五項」とする。

研究所は、次の各号に掲げる経理については、他の経理と区分し、それぞれ当該各号の区分に応じ、当該各号に定める勘定を設けて整理しなければならない。

研究所は、前条第一号に規定する業務又は同条第二号に規定する業務を終えたときは、それぞれ特定地域整備等勘定又は水源林勘定を廃止するものとし、それぞれの廃止の際特定地域整備等勘定又は水源林勘定についてその債務を弁済してなお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。

研究所は、前項の規定により特定地域整備等勘定又は水源林勘定を廃止したときは、それぞれの廃止の際特定地域整備等勘定又は水源林勘定に属する資本金の額により資本金を減少するものとする。

研究所は、附則第八条第一項、第九条第一項及び第十一条第一項に規定する業務に要する費用に充てるため、農林水産大臣の認可を受けて、長期借入金をし、又は森林総合研究所債券（以下「債券」という。）を発行することができる。

前項に規定するもののほか、研究所は、長期借入金又は債券で政令で定めるものの償還に充てるため、農林水産大臣の認可を受けて、長期借入金をし、又は債券を発行することができる。ただし、その償還期間が政令で定める期間のものに限る。

農林水産大臣は、前二項の認可をしようとするときは、あらかじめ、農林水産省の独立行政法人評価委員会の意見を聴かなければならない。

第一項又は第二項の規定による債券の債権者は、研究所の財産について他の債権者に先立って自己の債権の弁済を受ける権利を有する。

前項の先取特権の順位は、民法の規定による一般の先取特権に次ぐものとする。

研究所は、農林水産大臣の認可を受けて、債券の発行に関する事務の全部又は一部を銀行又は信託会社に委託することができる。

会社法第七百五条第一項及び第二項並びに第七百九条の規定は、前項の規定による委託を受けた銀行又は信託会社について準用する。

前各項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定による長期借入金又は債券に関し必要な事項は、政令で定める。

研究所は、毎事業年度、長期借入金及び債券の償還計画を立てて、農林水産大臣の認可を受けなければならない。

農林水産大臣は、前項の認可をしようとするときは、あらかじめ、農林水産省の独立行政法人評価委員会の意見を聴かなければならない。

農林水産大臣は、附則第十六条第一項、第二項若しくは第六項又は前条第一項の認可をしようとするときは、財務大臣に協議しなければならない。

研究所が行う承継業務に関しては、不動産登記法その他政令で定める法令については、政令で定めるところにより、研究所を国の行政機関とみなして、これらの法令を準用する。

次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした研究所の役員は、二十万円以下の過料に処する。

附則第二条から第五条までに定めるもののほか、研究所の設立に伴い必要な経過措置その他この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。

この法律は、平成十二年六月一日から施行する。

この法律は、平成十八年四月一日から施行する。ただし、附則第九条第二項及び第三項、第十七条第二項並びに第二十三条の規定は、公布の日から施行する。

この法律の施行の際現に独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所、独立行政法人食品総合研究所及び独立行政法人さけ・ます資源管理センターの職員である者は、別に辞令を発せられない限り、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）において、それぞれ、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所（以下「農業者大学校等」という。）の職員にあっては独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の、独立行政法人さけ・ます資源管理センターの職員にあっては独立行政法人水産総合研究センターの職員となるものとする。

この法律の施行の際現に独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所の職員である者は、別に辞令を発せられない限り、施行日において、引き続きそれぞれの独立行政法人（独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構にあっては、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構）の職員となるものとする。

前条の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所（以下「施行日後の研究機構等」という。）の職員となった者に対する国家公務員法第八十二条第二項の規定の適用については、当該施行日後の研究機構等の職員を同項に規定する特別職国家公務員等と、前条の規定により国家公務員としての身分を失ったことを任命権者の要請に応じ同項に規定する特別職国家公務員等となるため退職したこととみなす。

附則第二条の規定により施行日後の研究機構等の職員となる者に対しては、国家公務員退職手当法に基づく退職手当は、支給しない。

施行日後の研究機構等は、前項の規定の適用を受けた当該施行日後の研究機構等の職員の退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を当該施行日後の研究機構等の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。

施行日の前日の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所、独立行政法人食品総合研究所、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人さけ・ます資源管理センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所（以下「施行日前の研究機構等」という。）に職員として在職する者が、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究機構等の職員となり、かつ、引き続き当該施行日後の研究機構等の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の当該施行日後の研究機構等の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が当該施行日後の研究機構等を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。

施行日後の研究機構等は、施行日の前日に施行日前の研究機構等の職員として在職し、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究機構等の職員となった者のうち施行日から雇用保険法による失業等給付の受給資格を取得するまでの間に当該施行日後の研究機構等を退職したものであって、その退職した日まで当該施行日前の研究機構等の職員として在職したものとしたならば国家公務員退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるものに対しては、同条の規定の例により算定した退職手当の額に相当する額を退職手当として支給するものとする。

施行日前に施行日前の研究機構等を退職した者の退職手当について国家公務員退職手当法等の一部を改正する法律附則第二条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第一条の規定による改正前の国家公務員退職手当法第十二条の二及び第十二条の三の規定の適用については、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の、独立行政法人水産総合研究センター及び独立行政法人さけ・ます資源管理センターを退職した者にあっては独立行政法人水産総合研究センターの、独立行政法人種苗管理センターを退職した者にあっては独立行政法人種苗管理センターの、独立行政法人家畜改良センターを退職した者にあっては独立行政法人家畜改良センターの、独立行政法人林木育種センターを退職した者にあっては独立行政法人林木育種センターの、独立行政法人水産大学校を退職した者にあっては独立行政法人水産大学校の、独立行政法人農業生物資源研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業生物資源研究所の、独立行政法人農業環境技術研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業環境技術研究所の、独立行政法人国際農林水産業研究センターを退職した者にあっては独立行政法人国際農林水産業研究センターの、独立行政法人森林総合研究所を退職した者にあっては独立行政法人森林総合研究所の理事長は、同法第十二条の二第一項に規定する各省各庁の長等とみなす。

この法律の施行の際現に存する特定独立行政法人等の労働関係に関する法律（次条において「特労法」という。）第四条第二項に規定する労働組合であって、その構成員の過半数が附則第二条の規定により施行日後の研究機構等の職員となる者であるものは、この法律の施行の際労働組合法の適用を受ける労働組合となるものとする。この場合において、当該労働組合が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。

前項の規定により法人である労働組合となったものは、施行日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。

第一項の規定により労働組合法の適用を受ける労働組合となったものについては、施行日から起算して六十日を経過する日までは、同法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。

施行日前に特労法第十八条の規定に基づき施行日前の研究機構等がした解雇に係る中央労働委員会に対する申立て及び中央労働委員会による命令の期間については、なお従前の例による。

この法律の施行の際現に中央労働委員会に係属している施行日前の研究機構等とその職員に係る特労法の適用を受ける労働組合とを当事者とするあっせん、調停又は仲裁に係る事件に関する特労法第三章（第十二条から第十六条までの規定を除く。）及び第六章に規定する事項については、なお従前の例による。

農業者大学校等は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が承継する。

この法律の施行の際現に農業者大学校等が有する権利のうち、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。

前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。

農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における業務の実績についての独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第三十二条第一項の規定による評価及び同日に終わる中期目標の期間（通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間をいう。以下同じ。）における業務の実績についての通則法第三十四条第一項の規定による評価は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が受けるものとする。この場合において、通則法第三十二条第三項（通則法第三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定による通知及び勧告は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構に対してなされるものとする。

農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる中期目標の期間に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。

農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。

農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。

前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。この場合において、附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人農業者大学校法（以下「旧農業者大学校法」という。）第十一条、附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人農業工学研究所法（以下「旧農業工学研究所法」という。）第十一条及び附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人食品総合研究所法（以下「旧食品総合研究所法」という。）第十一条の規定（これらの規定に係る罰則を含む。）は、なおその効力を有するものとし、旧農業者大学校法第十一条第一項、旧農業工学研究所法第十一条第一項及び旧食品総合研究所法第十一条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の平成十八年四月一日に始まる」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十四条」とする。

第一項の規定により農業者大学校等が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。

前条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が農業者大学校等の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が承継する資産の価額（同条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される旧農業者大学校法第十一条第一項、旧農業工学研究所法第十一条第一項又は旧食品総合研究所法第十一条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構に対し第一条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法（以下「新研究機構法」という。）第十五条第一号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。この場合において、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、新研究機構法第六条第二項の認可を受けることなく、その額により資本金を増加するものとする。

前項に規定する資産の価額は、施行日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。

前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。

附則第八条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が権利を承継する場合における当該承継に伴う登記又は登録については、登録免許税を課さない。

附則第八条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。

施行日前に政府及び政府以外の者から独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構に対し第一条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法（以下「旧研究機構法」という。）第十四条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資された出資金に相当する金額（政府の出資金に相当する金額については、当該金額から附則第十三条第五項に規定する農林水産大臣が財務大臣と協議して定める金額を控除した額に相当する金額）は、それぞれ、政府及び当該政府以外の者から新研究機構法第十五条第三号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとみなす。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構に、役員として、新研究機構法第九条第二項に定めるもののほか、当分の間、理事二人を置くことができる。この場合において、その理事の任期は、新研究機構法第十一条の規定にかかわらず、一年とすることができる。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、新研究機構法第十四条に規定する業務のほか、政令で指定する日までの間、旧研究機構法第十三条第一項第四号の規定によりされた出資に係る株式の処分の業務を行う。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、新研究機構法第十四条及び前項に規定する業務のほか、旧研究機構法第十三条第一項第四号の規定により貸し付けられた資金に係る債権の回収が終了するまでの間、当該債権の管理及び回収の業務を行う。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前二項に規定する業務に附帯する業務を行うことができる。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前三項に規定する業務（以下「特例業務」という。）に係る経理については、その他の経理と区分し、特別の勘定（以下「特例業務勘定」という。）を設けて整理しなければならない。

施行日前に政府から独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構に対し旧研究機構法第十四条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資された出資金に相当する金額のうち、特例業務に必要な資金に充てるべきものとして農林水産大臣が財務大臣と協議して定める金額は、政府から特例業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとみなす。

新研究機構法第十六条第一項から第四項までの規定は、特例業務勘定について準用する。この場合において、同条第一項中「通則法第四十四条第一項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下この項において「整備法」という。）附則第十三条第六項において準用する第四項の規定により読み替えられた通則法第四十四条第一項」と、「第十四条」とあるのは「整備法附則第十三条第一項から第三項まで」と、同条第二項中「主務省（前条第二号に掲げる業務に係るものについては、農林水産省、財務省及び第二条第三号の政令で定める業種に属する事業を所管する省）」とあるのは「農林水産省、財務省及び第二条第三号の政令で定める業種に属する事業を所管する省」と読み替えるものとする。

第一項から第三項までの規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が特例業務を行う場合には、新研究機構法第十六条第六項中「前各項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）附則第十三条第六項の規定により読み替えて準用する第一項から第四項まで」と、新研究機構法第二十一条第一項第二号中「同条第五項」とあるのは「同条第五項及び整備法附則第十三条第六項」と、新研究機構法第二十二条第一項第二号及び第四号から第六号までの規定中「又は第三号に掲げる業務」とあるのは「若しくは第三号に掲げる業務又は整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務」と、新研究機構法第二十五条第一号中「この法律」とあるのは「この法律及び整備法附則第十三条第六項の規定により読み替えて準用する第十六条第一項」と、同条第二号中「第十四条」とあるのは「第十四条及び整備法附則第十三条第一項から第三項まで」とする。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、特例業務を終えたときは、特例業務勘定を廃止するものとし、その廃止の際特例業務勘定についてその債務を弁済してなお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前項の規定により特例業務勘定を廃止したときは、その廃止の際特例業務勘定に属する資本金の額により資本金を減少するものとする。

施行日前に旧研究機構法第十六条第一項の規定により独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構がした長期借入金については、旧研究機構法第十七条、第二十二条第一項（第一号に係る部分に限る。）及び第二十五条（第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。

独立行政法人さけ・ます資源管理センターは、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において独立行政法人水産総合研究センターが承継する。

この法律の施行の際現に独立行政法人さけ・ます資源管理センターが有する権利のうち、独立行政法人水産総合研究センターがその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。

前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。

独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における業務の実績についての通則法第三十二条第一項の規定による評価及び同日に終わる中期目標の期間における業務の実績についての通則法第三十四条第一項の規定による評価は、独立行政法人水産総合研究センターが受けるものとする。この場合において、通則法第三十二条第三項（通則法第三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定による通知及び勧告は、独立行政法人水産総合研究センターに対してなされるものとする。

独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる中期目標の期間に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。

独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。

独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。

前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。この場合において、附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人さけ・ます資源管理センター法（次条第一項において「旧さけ・ます資源管理センター法」という。）第十一条の規定（同条の規定に係る罰則を含む。）は、なおその効力を有するものとし、同条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人水産総合研究センターの平成十八年四月一日に始まる」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人水産総合研究センター法第十一条第一項及び第二項」とする。

第一項の規定により独立行政法人さけ・ます資源管理センターが解散した場合における解散の登記については、政令で定める。

前条第一項の規定により独立行政法人水産総合研究センターが独立行政法人さけ・ます資源管理センターの権利及び義務を承継したときは、その承継の際、独立行政法人水産総合研究センターが承継する資産の価額（同条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される旧さけ・ます資源管理センター法第十一条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から独立行政法人水産総合研究センターに対し出資されたものとする。この場合において、独立行政法人水産総合研究センターは、その額により資本金を増加するものとする。

附則第九条第二項及び第三項の規定は、前項の資産の価額について準用する。

農林水産大臣は、この法律の施行の際現に独立行政法人さけ・ます資源管理センターに使用されている国有財産（国有財産法第二条第一項に規定する国有財産をいう。）であって政令で定めるものを、政令で定めるところにより、独立行政法人水産総合研究センターの用に供するため、独立行政法人水産総合研究センターに無償で使用させることができる。

附則第十六条第一項の規定により独立行政法人水産総合研究センターが権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。

独立行政法人種苗管理センターは、第三条の規定による改正後の独立行政法人種苗管理センター法（次項において「新種苗管理センター法」という。）第十一条に規定する業務のほか、平成十九年三月三十一日までの間、茶樹の増殖に必要な種苗の生産及び配布並びにこれらに附帯する業務を行う。

前項の規定により独立行政法人種苗管理センターが同項に規定する業務を行う場合には、新種苗管理センター法第十二条第一項中「前条」とあるのは「前条及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（第十五条第一号において「整備法」という。）附則第二十条第一項」と、新種苗管理センター法第十五条第一号中「第十一条」とあるのは「第十一条及び整備法附則第二十条第一項」とする。

施行日前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。

この法律は、平成十九年四月一日から施行する。ただし、附則第四条第二項及び第三項、第五条、第七条第二項並びに第二十二条の規定は、公布の日から施行する。

独立行政法人林木育種センター（以下「林木育種センター」という。）は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において独立行政法人森林総合研究所（以下「森林総合研究所」という。）が承継する。

この法律の施行の際現に林木育種センターが有する権利のうち、森林総合研究所がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。

前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。

林木育種センターの平成十九年三月三十一日に終わる事業年度における業務の実績についての通則法第三十二条第一項の規定による評価は、森林総合研究所が受けるものとする。この場合において、同条第三項の規定による通知及び勧告は、森林総合研究所に対してなされるものとする。

森林総合研究所の施行日を含む中期目標の期間に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表は、林木育種センターの施行日の前日を含む中期目標の期間に係る同条の事業報告書に記載すべき事項を含めて行うものとする。

森林総合研究所の施行日を含む中期目標の期間における業務の実績についての通則法第三十四条第一項の規定による評価は、林木育種センターの施行日の前日を含む中期目標の期間における業務の実績を考慮して行うものとする。

林木育種センターの平成十九年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、森林総合研究所が行うものとする。

林木育種センターの平成十九年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、森林総合研究所が行うものとする。

前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、施行日の前日において林木育種センターの中期目標の期間が終了したものとして、森林総合研究所が行うものとする。この場合において、附則第九条の規定による廃止前の独立行政法人林木育種センター法（次条第一項において「旧林木育種センター法」という。）第十二条の規定（同条の規定に係る罰則を含む。）は、なおその効力を有するものとし、同条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人森林総合研究所の独立行政法人に係る改革を推進するための独立行政法人農林水産消費技術センター法及び独立行政法人森林総合研究所法の一部を改正する法律の施行の日を含む」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人森林総合研究所法第十一条」とする。

第一項の規定により林木育種センターが解散した場合における解散の登記については、政令で定める。

前条第一項の規定により森林総合研究所が林木育種センターの権利及び義務を承継したときは、その承継の際、森林総合研究所が承継する資産の価額（同条第九項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される旧林木育種センター法第十二条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から森林総合研究所に対し出資されたものとする。この場合において、森林総合研究所は、その額により資本金を増加するものとする。

附則第四条第二項及び第三項の規定は、前項の資産の価額について準用する。

森林総合研究所は、施行日の前日に林木育種センターの職員として在職する者（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下この条において「整備法」という。）附則第四条第一項の規定の適用を受けた者に限る。）で引き続いて森林総合研究所の職員となったものの退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を森林総合研究所の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。ただし、その者が整備法の施行の日以後に林木育種センターを退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。

施行日の前日に林木育種センターの職員として在職する者（整備法附則第四条第一項の規定の適用を受けた者に限る。）が、引き続いて森林総合研究所の職員となり、かつ、引き続き森林総合研究所の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の整備法の施行の日以後の林木育種センターの職員としての在職期間及び森林総合研究所の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が整備法の施行の日以後に林木育種センター又は森林総合研究所を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。

林木育種センターの役員又は職員であった者に係るその職務上知ることのできた秘密を漏らし、又は盗用してはならない義務については、施行日以後も、なお従前の例による。

施行日前にした行為及び附則第十条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。

この法律は、平成二十年四月一日から施行する

この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。

この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。

この附則に定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。