独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法

この法律は、平成十三年一月六日から施行する。ただし、附則第八条の規定は、同日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。

研究機構の成立の際現に農林水産省の部局又は機関で政令で定めるものの職員である者は、別に辞令を発せられない限り、研究機構の成立の日において、研究機構の相当の職員となるものとする。

研究機構の成立の際現に前条に規定する政令で定める部局又は機関の職員である者のうち、研究機構の成立の日において引き続き研究機構の職員となったもの（次条において「引継職員」という。）であって、研究機構の成立の日の前日において農林水産大臣又はその委任を受けた者から児童手当法第七条第一項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定による認定を受けているものが、研究機構の成立の日において児童手当又は同法附則第六条第一項、第七条第一項若しくは第八条第一項の給付（以下この条において「特例給付等」という。）の支給要件に該当するときは、その者に対する児童手当又は特例給付等の支給に関しては、研究機構の成立の日において同法第七条第一項の規定による市町村長（特別区の区長を含む。）の認定があったものとみなす。この場合において、その認定があったものとみなされた児童手当又は特例給付等の支給は、同法第八条第二項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、研究機構の成立の日の前日の属する月の翌月から始める。

研究機構の成立の際現に存する国家公務員法第百八条の二第一項に規定する職員団体であって、その構成員の過半数が引継職員であるものは、研究機構の成立の際国営企業及び特定独立行政法人の労働関係に関する法律の適用を受ける労働組合となるものとする。この場合において、当該職員団体が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。

前項の規定により法人である労働組合となったものは、研究機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。

第一項の規定により労働組合となったものについては、研究機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までは、労働組合法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。

研究機構の成立の際、第十条に規定する業務に関し、現に国が有する権利及び義務のうち政令で定めるものは、研究機構の成立の時において研究機構が承継する。

前項の規定により研究機構が国の有する権利及び義務を承継したときは、その承継の際、承継される権利に係る土地、建物その他の財産で政令で定めるものの価額の合計額に相当する金額は、政府から研究機構に対し出資されたものとする。

前項の規定により政府から出資があったものとされる同項の財産の価額は、研究機構の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。

前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。

研究機構の成立前に附則第二条に規定する政令で定める部局又は機関が薬事法第八十三条の規定により読み替えて適用される同法第十四条第一項の規定により受けた承認は、研究機構の成立の時において、研究機構が同項の規定により受けた承認とみなす。

研究機構は、その成立の日から起算して六月間は、薬事法第八十三条の規定により読み替えて適用される同法第十二条第一項及び第二十四条第一項の規定による許可を受けないで、農林水産省令で定めるところにより、家畜及び家きん専用の血清類及び薬品であって、前項の規定によりその製造について同法第八十三条の規定により読み替えて適用される同法第十四条第一項の規定により承認を受けたとみなされるものの製造及び配布を行うことができる。

附則第二条から前条までに定めるもののほか、研究機構の設立に伴い必要な経過措置その他この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。

この法律は、平成十二年六月一日から施行する。

この法律は、平成十五年十月一日から施行する。

独立行政法人農業技術研究機構は、この法律の施行の時において、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構（以下「研究機構」という。）となるものとする。

この法律の施行前に独立行政法人農業技術研究機構に対してされた出資は、この法律による改正後の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法（以下「新法」という。）第十四条第一号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとしてされた出資とみなす。

生物系特定産業技術研究推進機構（以下「推進機構」という。）は、この法律の施行の時において解散するものとし、その資産及び債務は、次項の規定により国が承継する資産を除き、その時において研究機構が承継する。

この法律の施行の際現に推進機構が有する資産のうち、研究機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。

前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。

推進機構の平成十五年四月一日に始まる事業年度は、推進機構の解散の日の前日に終わるものとする。

推進機構の平成十五年四月一日に始まる事業年度に係る決算並びに財産目録、貸借対照表及び損益計算書については、なお従前の例による。

第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、政府及び政府以外の者から推進機構に対し附則第八条の規定による廃止前の生物系特定産業技術研究推進機構法（以下「旧推進機構法」という。）第五条第二項第一号に規定する民間研究促進業務（以下この項において「民間研究促進業務」という。）に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されている出資金に相当する金額（第二項の規定により国が承継する資産に旧推進機構法第三十一条の規定により設けられている民間研究促進業務に係る勘定（以下この条において「民間研究促進業務勘定」という。）に属する資産が含まれる場合にあっては、政府の出資金に相当する金額については、当該金額から第二項の規定により国が承継する資産のうち民間研究促進業務勘定に属する資産の価額及び当該資産の価額を基礎として政令で定めるところにより算定した金額の合計額を控除した額に相当する金額）は、それぞれ、その承継に際し政府及び当該政府以外の者から研究機構に新法第十四条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。

第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、承継する資産の価額から負債の金額を差し引いた額（以下「純資産額」という。）のうち旧推進機構法第三十一条の規定により設けられている旧推進機構法第五条第二項第二号に規定する基礎的研究業務に係る勘定に属する額に相当する金額は、その承継に際し政府から研究機構に新法第十四条第三号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。

第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、純資産額のうち旧推進機構法第三十一条の規定により設けられている旧推進機構法第五条第二項第三号に規定する農業機械化促進業務（第二号において「農業機械化促進業務」という。）に係る勘定（第一号において「農業機械化促進業務勘定」という。）に属する額に相当する金額は、その承継に際し政府及び政府以外の者から研究機構に新法第十四条第四号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。この場合において、その承継の際における次の各号に掲げる金額は、それぞれ、その承継に際し当該各号に定める者から研究機構に出資されたものとする。

前三項の場合において、研究機構は、新法第七条第二項に規定する認可を受けることなく、前三項の規定により研究機構に出資されたものとされた額により資本金を増加するものとする。

第七項に規定する資産の価額は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。

前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。

第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、その承継の際、民間研究促進業務勘定において繰越欠損金として整理されている金額（第二項の規定により国が承継する資産に民間研究促進業務勘定に属する資産が含まれる場合にあっては、当該金額から第六項の政令で定めるところにより算定した金額を控除した額に相当する金額）は、新法第十四条の規定により設けられている同条第二号に掲げる業務に係る勘定に属する繰越欠損金として整理しなければならない。

推進機構の解散については、旧推進機構法第四十五条第一項の規定による残余財産の分配は、行わない。

第一項の規定により推進機構が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。

前条第六項及び第八項の規定により研究機構に出資したものとされた政府以外の者は、研究機構に対し、施行日から一月以内に限り、当該出資に係る持分の払戻しを請求することができる。

研究機構は、前項の規定による請求があったときは、新法第八条第一項の規定にかかわらず、当該政府以外の者が有する純資産額に対する持分に相当する金額により払戻しをしなければならない。この場合において、研究機構は、当該持分に係る出資額により資本金を減少するものとする。

施行日の前日において健康保険組合（推進機構の事業所又は事務所を健康保険法第十七条第一項に規定する設立事業所とする健康保険組合をいう。以下この項において同じ。）の被保険者であった者で推進機構の役員又は職員であったもののうち、施行日に農林水産省共済組合（国家公務員共済組合法第三条第一項の規定により農林水産省に属する職員（同法第二条第一項第一号に規定する職員をいう。以下この項において同じ。）及びその所管する独立行政法人（独立行政法人通則法第二条第一項に規定する独立行政法人をいう。）の職員をもって組織された国家公務員共済組合をいう。以下同じ。）の組合員となった者（研究機構の役員又は職員となった者に限る。）に係る施行日以後の給付に係る国家公務員共済組合法の短期給付に関する規定及び同法第百二十六条の五第一項の規定の適用については、その者は、施行日前の健康保険組合の被保険者であった間（推進機構の役員又は職員であった間に限る。）農林水産省共済組合の組合員であったものとみなし、その者が施行日前に健康保険法による保険給付を受けていた場合における当該保険給付は、国家公務員共済組合法に基づく当該保険給付に相当する給付とみなす。

この法律の施行の際前項に規定する者のうち健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けることができた者であって、同一の傷病について国家公務員共済組合法第六十六条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けることができるものに係る同条第二項の規定の適用については、当該健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を始めた日を当該国家公務員共済組合法第六十六条第一項の規定による傷病手当金の支給を始めた日とみなす。

施行日の前日において厚生年金基金（推進機構の事業所又は事務所を公的年金制度の健全性及び信頼性の確保のための厚生年金保険法等の一部を改正する法律附則第五条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされた同法第一条の規定による改正前の厚生年金保険法第百十七条第三項に規定する設立事業所とする厚生年金基金をいう。以下この条において同じ。）の加入員である厚生年金保険の被保険者であった者（推進機構の役員又は職員であった者に限る。）で施行日に農林水産省共済組合の組合員となった者（研究機構の役員又は職員となった者に限る。）のうち、施行日前の厚生年金保険の被保険者期間（厚生年金基金の加入員である厚生年金保険の被保険者であった期間（推進機構の役員又は職員であった期間に限る。）に係るものに限る。）及び国家公務員共済組合の組合員たる厚生年金保険の被保険者に係る被保険者期間（農林水産省共済組合の組合員である期間（独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の役員又は職員である期間に限る。）に係るものに限り、被用者年金制度の一元化等を図るための厚生年金保険法等の一部を改正する法律附則第七条第一項の規定により同項に規定する第二号厚生年金被保険者期間とみなされた同法附則第四条第十一号に規定する旧国家公務員共済組合員期間（農林水産省共済組合の組合員であった期間（研究機構又は独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の役員又は職員であった期間に限る。）に係るものに限る。）を含む。）がいずれも四十四年未満であり、かつ、これらの期間を合算した期間が四十四年以上となるものに係る厚生年金保険法附則第九条の三第一項又は第三項の規定の適用については、その者は、国家公務員共済組合の組合員たる厚生年金保険の被保険者に係る被保険者期間が四十四年以上である者とみなす。

旧推進機構法（第十九条を除く。）の規定によりした処分、手続その他の行為は、独立行政法人通則法又は新法中の相当規定によりした処分、手続その他の行為とみなす。

推進機構の役員若しくは職員又は評議員であった者に係るその職務に関して知り得た秘密を漏らし、又は盗用してはならない義務については、施行日以後も、なお従前の例による。

施行日前にした行為並びに附則第四条第五項及び前条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関して必要な経過措置は、政令で定める。

この法律は、平成十六年十月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。

この法律は、平成十八年四月一日から施行する。ただし、附則第九条第二項及び第三項、第十七条第二項並びに第二十三条の規定は、公布の日から施行する。

この法律の施行の際現に独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所、独立行政法人食品総合研究所及び独立行政法人さけ・ます資源管理センターの職員である者は、別に辞令を発せられない限り、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）において、それぞれ、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所（以下「農業者大学校等」という。）の職員にあっては独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の、独立行政法人さけ・ます資源管理センターの職員にあっては独立行政法人水産総合研究センターの職員となるものとする。

この法律の施行の際現に独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所の職員である者は、別に辞令を発せられない限り、施行日において、引き続きそれぞれの独立行政法人（独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構にあっては、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構）の職員となるものとする。

前条の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所（以下「施行日後の研究機構等」という。）の職員となった者に対する国家公務員法第八十二条第二項の規定の適用については、当該施行日後の研究機構等の職員を同項に規定する特別職国家公務員等と、前条の規定により国家公務員としての身分を失ったことを任命権者の要請に応じ同項に規定する特別職国家公務員等となるため退職したこととみなす。

附則第二条の規定により施行日後の研究機構等の職員となる者に対しては、国家公務員退職手当法に基づく退職手当は、支給しない。

施行日後の研究機構等は、前項の規定の適用を受けた当該施行日後の研究機構等の職員の退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を当該施行日後の研究機構等の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。

施行日の前日の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所、独立行政法人食品総合研究所、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人さけ・ます資源管理センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所（以下「施行日前の研究機構等」という。）に職員として在職する者が、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究機構等の職員となり、かつ、引き続き当該施行日後の研究機構等の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の当該施行日後の研究機構等の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が当該施行日後の研究機構等を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。

施行日後の研究機構等は、施行日の前日に施行日前の研究機構等の職員として在職し、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究機構等の職員となった者のうち施行日から雇用保険法による失業等給付の受給資格を取得するまでの間に当該施行日後の研究機構等を退職したものであって、その退職した日まで当該施行日前の研究機構等の職員として在職したものとしたならば国家公務員退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるものに対しては、同条の規定の例により算定した退職手当の額に相当する額を退職手当として支給するものとする。

施行日前に施行日前の研究機構等を退職した者の退職手当について国家公務員退職手当法等の一部を改正する法律附則第二条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第一条の規定による改正前の国家公務員退職手当法第十二条の二及び第十二条の三の規定の適用については、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の、独立行政法人水産総合研究センター及び独立行政法人さけ・ます資源管理センターを退職した者にあっては独立行政法人水産総合研究センターの、独立行政法人種苗管理センターを退職した者にあっては独立行政法人種苗管理センターの、独立行政法人家畜改良センターを退職した者にあっては独立行政法人家畜改良センターの、独立行政法人水産大学校を退職した者にあっては独立行政法人水産大学校の、独立行政法人農業生物資源研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業生物資源研究所の、独立行政法人農業環境技術研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業環境技術研究所の、独立行政法人国際農林水産業研究センターを退職した者にあっては独立行政法人国際農林水産業研究センターの、独立行政法人森林総合研究所及び独立行政法人林木育種センターを退職した者にあっては独立行政法人森林総合研究所の理事長は、同法第十二条の二第一項に規定する各省各庁の長等とみなす。

この法律の施行の際現に存する特定独立行政法人等の労働関係に関する法律（次条において「特労法」という。）第四条第二項に規定する労働組合であって、その構成員の過半数が附則第二条の規定により施行日後の研究機構等の職員となる者であるものは、この法律の施行の際労働組合法の適用を受ける労働組合となるものとする。この場合において、当該労働組合が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。

前項の規定により法人である労働組合となったものは、施行日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。

第一項の規定により労働組合法の適用を受ける労働組合となったものについては、施行日から起算して六十日を経過する日までは、同法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。

施行日前に特労法第十八条の規定に基づき施行日前の研究機構等がした解雇に係る中央労働委員会に対する申立て及び中央労働委員会による命令の期間については、なお従前の例による。

この法律の施行の際現に中央労働委員会に係属している施行日前の研究機構等とその職員に係る特労法の適用を受ける労働組合とを当事者とするあっせん、調停又は仲裁に係る事件に関する特労法第三章（第十二条から第十六条までの規定を除く。）及び第六章に規定する事項については、なお従前の例による。

農業者大学校等は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が承継する。

この法律の施行の際現に農業者大学校等が有する権利のうち、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。

前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。

農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における業務の実績についての独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第三十二条第一項の規定による評価及び同日に終わる中期目標の期間（通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間をいう。以下同じ。）における業務の実績についての通則法第三十四条第一項の規定による評価は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が受けるものとする。この場合において、通則法第三十二条第三項（通則法第三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定による通知及び勧告は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構に対してなされるものとする。

農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる中期目標の期間に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。

農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。

農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。

前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。この場合において、附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人農業者大学校法（以下「旧農業者大学校法」という。）第十一条、附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人農業工学研究所法（以下「旧農業工学研究所法」という。）第十一条及び附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人食品総合研究所法（以下「旧食品総合研究所法」という。）第十一条の規定（これらの規定に係る罰則を含む。）は、なおその効力を有するものとし、旧農業者大学校法第十一条第一項、旧農業工学研究所法第十一条第一項及び旧食品総合研究所法第十一条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の平成十八年四月一日に始まる」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十四条」とする。

第一項の規定により農業者大学校等が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。

第九条　前条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が農業者大学校等の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が承継する資産の価額（同条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される旧農業者大学校法第十一条第一項、旧農業工学研究所法第十一条第一項又は旧食品総合研究所法第十一条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構に対し第一条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法（以下「新研究機構法」という。）第十五条第一号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。この場合において、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、新研究機構法第六条第二項の認可を受けることなく、その額により資本金を増加するものとする。

前項に規定する資産の価額は、施行日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。

前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。

附則第八条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が権利を承継する場合における当該承継に伴う登記又は登録については、登録免許税を課さない。

附則第八条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。

施行日前に政府及び政府以外の者から独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構に対し第一条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法（以下「旧研究機構法」という。）第十四条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資された出資金に相当する金額（政府の出資金に相当する金額については、当該金額から附則第十三条第五項に規定する農林水産大臣が財務大臣と協議して定める金額を控除した額に相当する金額）は、それぞれ、政府及び当該政府以外の者から新研究機構法第十五条第三号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとみなす。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構に、役員として、新研究機構法第九条第二項に定めるもののほか、当分の間、理事二人を置くことができる。この場合において、その理事の任期は、新研究機構法第十一条の規定にかかわらず、一年とすることができる。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、新研究機構法第十四条に規定する業務のほか、政令で指定する日までの間、旧研究機構法第十三条第一項第四号の規定によりされた出資に係る株式の処分の業務を行う。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、新研究機構法第十四条及び前項に規定する業務のほか、旧研究機構法第十三条第一項第四号の規定により貸し付けられた資金に係る債権の回収が終了するまでの間、当該債権の管理及び回収の業務を行う。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前二項に規定する業務に附帯する業務を行うことができる。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前三項に規定する業務（以下「特例業務」という。）に係る経理については、その他の経理と区分し、特別の勘定（以下「特例業務勘定」という。）を設けて整理しなければならない。

施行日前に政府から独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構に対し旧研究機構法第十四条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資された出資金に相当する金額のうち、特例業務に必要な資金に充てるべきものとして農林水産大臣が財務大臣と協議して定める金額は、政府から特例業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとみなす。

新研究機構法第十六条第一項から第四項までの規定は、特例業務勘定について準用する。この場合において、同条第一項中「通則法第四十四条第一項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下この項において「整備法」という。）附則第十三条第六項において準用する第四項の規定により読み替えられた通則法第四十四条第一項」と、「第十四条」とあるのは「整備法附則第十三条第一項から第三項まで」と、同条第二項中「主務省（前条第二号に掲げる業務に係るものについては、農林水産省、財務省及び第二条第三号の政令で定める業種に属する事業を所管する省）」とあるのは「農林水産省、財務省及び第二条第三号の政令で定める業種に属する事業を所管する省」と読み替えるものとする。

第一項から第三項までの規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が特例業務を行う場合には、新研究機構法第十六条第六項中「前各項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）附則第十三条第六項の規定により読み替えて準用する第一項から第四項まで」と、新研究機構法第二十一条第一項第二号中「同条第五項」とあるのは「同条第五項及び整備法附則第十三条第六項」と、新研究機構法第二十二条第一項第二号及び第四号から第六号までの規定中「又は第三号に掲げる業務」とあるのは「若しくは第三号に掲げる業務又は整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務」と、新研究機構法第二十五条第一号中「この法律」とあるのは「この法律及び整備法附則第十三条第六項の規定により読み替えて準用する第十六条第一項」と、同条第二号中「第十四条」とあるのは「第十四条及び整備法附則第十三条第一項から第三項まで」とする。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、特例業務を終えたときは、特例業務勘定を廃止するものとし、その廃止の際特例業務勘定についてその債務を弁済してなお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。

独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前項の規定により特例業務勘定を廃止したときは、その廃止の際特例業務勘定に属する資本金の額により資本金を減少するものとする。

施行日前に旧研究機構法第十六条第一項の規定により独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構がした長期借入金については、旧研究機構法第十七条、第二十二条第一項（第一号に係る部分に限る。）及び第二十五条（第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。

独立行政法人さけ・ます資源管理センターは、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において独立行政法人水産総合研究センターが承継する。

この法律の施行の際現に独立行政法人さけ・ます資源管理センターが有する権利のうち、独立行政法人水産総合研究センターがその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。

前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。

独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における業務の実績についての通則法第三十二条第一項の規定による評価及び同日に終わる中期目標の期間における業務の実績についての通則法第三十四条第一項の規定による評価は、独立行政法人水産総合研究センターが受けるものとする。この場合において、通則法第三十二条第三項（通則法第三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定による通知及び勧告は、独立行政法人水産総合研究センターに対してなされるものとする。

独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる中期目標の期間に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。

独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。

独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。

前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。この場合において、附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人さけ・ます資源管理センター法（次条第一項において「旧さけ・ます資源管理センター法」という。）第十一条の規定（同条の規定に係る罰則を含む。）は、なおその効力を有するものとし、同条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人水産総合研究センターの平成十八年四月一日に始まる」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人水産総合研究センター法第十一条第一項及び第二項」とする。

第一項の規定により独立行政法人さけ・ます資源管理センターが解散した場合における解散の登記については、政令で定める。

前条第一項の規定により独立行政法人水産総合研究センターが独立行政法人さけ・ます資源管理センターの権利及び義務を承継したときは、その承継の際、独立行政法人水産総合研究センターが承継する資産の価額（同条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される旧さけ・ます資源管理センター法第十一条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から独立行政法人水産総合研究センターに対し出資されたものとする。この場合において、独立行政法人水産総合研究センターは、その額により資本金を増加するものとする。

附則第九条第二項及び第三項の規定は、前項の資産の価額について準用する。

農林水産大臣は、この法律の施行の際現に独立行政法人さけ・ます資源管理センターに使用されている国有財産（国有財産法第二条第一項に規定する国有財産をいう。）であって政令で定めるものを、政令で定めるところにより、独立行政法人水産総合研究センターの用に供するため、独立行政法人水産総合研究センターに無償で使用させることができる。

附則第十六条第一項の規定により独立行政法人水産総合研究センターが権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。

独立行政法人種苗管理センターは、第三条の規定による改正後の独立行政法人種苗管理センター法（次項において「新種苗管理センター法」という。）第十一条に規定する業務のほか、平成十九年三月三十一日までの間、茶樹の増殖に必要な種苗の生産及び配布並びにこれらに附帯する業務を行う。

前項の規定により独立行政法人種苗管理センターが同項に規定する業務を行う場合には、新種苗管理センター法第十二条第一項中「前条」とあるのは「前条及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（第十五条第一号において「整備法」という。）附則第二十条第一項」と、新種苗管理センター法第十五条第一号中「第十一条」とあるのは「第十一条及び整備法附則第二十条第一項」とする。

施行日前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。

この法律は、平成十九年四月一日から施行する。

この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。

この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日（以下「施行日」という。）から施行する。

この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。

この法律は、平成二十七年十月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、それぞれ当該各号に定める日から施行する。

この附則に規定するもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。

この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。

この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

被用者年金制度の一元化等を図るための厚生年金保険法等の一部を改正する法律附則第八十七条の規定は、改正後国民年金法の規定を改正する法律としての効力を有しないものと解してはならない。

この附則に定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。