独立行政法人水資源機構法施行令

独立行政法人水資源機構法（以下「法」という。）第2条第4項の政令で定める施設は、河川法第8条の規定による河川工事としてその新築又は改築が行われる施設とする。

法第13条第1項の事業実施計画には、当該事業実施計画に係る法第12条第1項第1号の業務に関し、次の事項を記載しなければならない。

法第13条第3項の規定による意見の聴取及び同意は、書面により行わなければならないものとし、土地改良区にあっては、その同意の書面には、同条第4項の規定による総会又は総代会の議決があったことを証する書面及び次条の同意署名簿が添付されていなければならないものとする。

土地改良区は、その組合員のうち法第13条第3項の流水をかんがいの用に供しようとする者の総数を記載した同意署名簿に、同意しようとする者の署名（記名を含む。）及び押印を得ることによって、同条第4項に規定する同意を得るものとする。

法第13条第4項の政令で定める要件は、次のとおりとする。

法第13条第5項又は第14条第3項の規定による公示は、官報に掲載してするものとする。

独立行政法人水資源機構（以下「機構」という。）は、法第13条第6項の規定により協議し、及び認可を受けようとするときは、費用及びその負担方法その他事業の廃止に関する重要事項を明らかにしてしなければならない。

法第13条第7項の規定による意見の聴取及び同意は、書面により行わなければならないものとする。

法第14条第5項の政令で定める権利は、同条第3項に規定する国の水資源開発事業であって同条第4項の規定により機構がその業務として行うこととなったもの（以下「機構が承継した国の水資源開発事業」という。）に関する債権で、社会資本整備事業特別会計の治水勘定に属する多目的ダム建設工事等（特別会計に関する法律第209条第1項に規定する多目的ダム建設工事等をいう。）に係る特別会計に関する法律第11条の規定による余裕金の預託によって生ずる収入、不用物品の売払いによる収入その他の附属雑収入となるべきものとする。

法第14条第8項の規定により機構が国庫に納付しなければならない金額（次項において「国庫納付金」という。）は、当該機構が承継した国の水資源開発事業を行うにつき国が要した費用で、同条第4項の規定により機構が当該事業をその業務として行うこととなる前に国が一般会計において支出したもの（国庫が負担すべきものを除く。）について算定される法第25条第1項又は第26条第1項の規定による負担金の額とする。

国庫納付金の納付の方法は、主務大臣が国土交通大臣及び財務大臣と協議して定める。

法第16条第1項の政令で定める特定施設は、河川法施行令第8条各号に掲げる施設に該当するものとする。

操作特定施設に係る施設管理規程を作成し、又は変更しようとする場合における法第16条第1項の規定による関係都道府県知事又は関係都道府県知事及び関係市町村長との協議は、河川法第4条第1項に規定する一級河川の操作特定施設に係るものにあっては関係都道府県知事と、同法第5条第1項に規定する二級河川の操作特定施設に係るものにあっては関係都道府県知事及び関係市町村長とするものとする。

法第16条第1項又は第2項の施設管理規程には、当該施設管理規程に係る法第12条第1項第2号の業務に関し、操作を伴う施設に係るものにあっては次に掲げる事項、その他の施設に係るものにあっては第1号、第2号、第5号及び第8号から第10号までに掲げる事項を定めなければならない。

機構が行う特定施設の新築若しくは改築又は当該新築若しくは改築に係る特定施設の管理に関しては、機構は、河川法第17条から第19条まで、第21条、第66条から第68条まで、第74条、第89条及び第99条の規定に基づく河川管理者の権限を行うものとする。

前項の規定により機構が負担させる河川法第67条又は第68条第2項の規定に基づく負担金は、機構の収入とし、機構は、同法第74条第3項の納付義務者が負担金等及び延滞金を納付しない場合においては、国税滞納処分の例により、滞納処分をすることができる。

第1項の規定により機構が河川管理者の権限を行う場合において、河川法第18条の他の工事の施行者若しくは他の行為の行為者、同法第19条の他の工事の目的である工作物の管理者又は同法第67条若しくは第68条第2項の費用を負担する者が国又は地方公共団体であるときは、機構は、あらかじめ、これらの者に協議しなければならない。

法第17条第3項の規定による公示は、官報に掲載してするものとする。

法第18条第1項の指揮に関する国土交通大臣の権限は、特定施設の所在地を管轄する地方整備局長又は北海道開発局長が行う。ただし、国土交通大臣が自らその権限を行使することを妨げない。

機構は、法第19条の規定により関係都道府県知事、関係市町村長及び関係警察署長に通知するときは、水資源開発施設又は愛知豊川用水施設を操作する日時のほか、その操作によって放流される流水の量又はその操作によって上昇する下流の水位の見込みを示して行い、同条の規定により一般に周知させようとするときは、主務大臣の定めるところにより、立札による掲示を行うほか、サイレン、警鐘、拡声機その他の方法により警告しなければならない。

この章において「特定多目的ダム方式負担割合」とは、特定多目的ダム法施行令第1条の2から第6条までの規定の例による方法により算定する割合をいう。この場合において、特定施設以外の水資源開発施設にあっては、同令第1条の2第5項、第2条第1項第2号及び第2項、第3条第2項並びに第6条中「国土交通大臣」とあるのは、「独立行政法人水資源機構法第37条第2項に規定する主務大臣」と読み替えるものとする。

この章において「不要支出額」とは、水資源開発施設の新築又は改築に関する事業の縮小があった場合において、当該新築又は改築に要する費用の額と、当該事業の縮小後の水資源開発施設が有する効用と同等の効用を有する水資源開発施設の新築又は改築に要する推定の費用の額との差額をいう。

この章において「投資可能限度額」とは、水資源開発施設の新築又は改築に関する事業の目的である各用途について特定多目的ダム法施行令第5条の規定の例により算出した金額又は同令第6条の規定の例により算出した金額のうちいずれか少ない金額から、当該水資源開発施設の効用を全うするため必要な水路、建物、機械その他の施設又は工作物で専ら当該用途に供されるものの新築又は改築に要する費用の額を控除した金額をいう。この場合において、特定施設以外の水資源開発施設にあっては、同条中「国土交通大臣」とあるのは、「独立行政法人水資源機構法第37条第2項に規定する主務大臣」と読み替えるものとする。

法第21条第1項及び第22条第1項の政令で定める費用は、高潮防御、かんがいその他流水の正常な機能の維持と増進に係る費用とする。

法第21条第1項の費用の範囲は、実施計画調査費、本工事費、附帯工事費、用地費、補償費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費（本工事費、附帯工事費、用地費又は補償費につき支払うべき利息があるときは、当該利息を含む。）とする。

法第21条第1項の交付金の額は、特定施設の新築又は改築に要する費用で前条に規定するものの額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に、洪水調節、高潮防御、かんがいその他流水の正常な機能の維持と増進のための用途（以下「治水関係用途」という。）に係る特定多目的ダム方式負担割合を乗じて得た額及びその額に対応する前条の利息の額（法第24条第1項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）とする。

特定施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（治水関係用途に係る部分の縮小に伴う場合に限る。）における法第21条第1項の交付金の額は、前項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額を加えた額とする。ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、国土交通大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。

特定施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（水道若しくは工業用水道に係る部分の縮小又は事業からの撤退に伴う場合に限る。）において、治水関係用途について第1項の規定により算出した額（前条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）が、当該用途に係る投資可能限度額（治水関係用途に係る部分の縮小があったときは、当該用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該用途に係る投資可能限度額）を超える場合には、法第21条第1項の交付金の額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から、当該超える額及びその額に対応する前条の利息の額（法第24条第1項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）に相当する額を控除した額とする。

法第24条第1項の負担金について同項に規定する者が負担すべき利息がある場合における法第21条第1項の交付金の額は、前三項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額に当該利息の額を加えた額とする。

特定施設の新築又は改築に関する事業が廃止された場合における法第21条第1項の交付金の額は、前各項の規定にかかわらず、特定施設の新築又は改築に要した費用（当該事業の廃止に伴い追加的に必要となる費用を含む。）で前条に規定するものの額（次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に、治水関係用途に係る特定多目的ダム方式負担割合を乗じて得た額及びその額に対応する同条の利息の額並びに法第24条第1項に規定する者が負担することとされていた利息の額とする。ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、国土交通大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。

機構が承継した国の水資源開発事業に係る法第21条第1項の交付金の額は、前各項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から、当該機構が承継した国の水資源開発事業を行うにつき国が要した費用で治水関係用途に係るものの額を控除した額とする。

法第21条第1項の交付金は、当該特定施設の新築又は改築が完了するまでの間（当該特定施設の新築又は改築に関する事業が廃止されたときは、その廃止に伴う追加的な工事が完了するまでの間）において、毎年度、国土交通大臣の定めるところにより機構に交付するものとする。ただし、当該交付金の額のうち法第24条第1項の規定により同項に規定する者が負担すべき費用の額に相当する金額については、同条第2項の規定による都道府県知事の納付の状況に応じて、別に国土交通大臣が財務大臣に協議して定めるところによる。

法第21条第3項の規定により同条第1項の交付金の一部を負担する都道府県は、当該交付金に係る特定施設の新築又は改築で治水関係用途に係るものにより利益を受ける都道府県とする。

法第21条第3項の規定により当該都道府県が負担する負担金の額は、当該特定施設に係る同条第1項の交付金の額（法第24条第1項の負担金があるときは、当該負担金の額を控除した額。次項において同じ。）から事務取扱費の額を控除した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める割合を乗じて得た額とする。

法第21条第3項の規定による都道府県の負担金が河川法施行令第36条の2各号に掲げる施設に該当する特定施設に係るものである場合において、当該特定施設に係る法第21条第1項の交付金の額が百二十億円を超えるものであるときは、前項各号中「三分の一」とあるのは「十分の三」と、同項第1号中「２÷３」とあるのは「７÷１０」として、同項の規定を適用するものとする。

法第21条第3項の規定による都道府県の負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業につき国が要した費用で治水関係用途に係るものの額が、当該事業のうち既に国土交通大臣が行った事業に要した費用で治水関係用途に係るものの額を超えるものであるときは、第2項中「当該負担金の額を控除した額。次項において同じ。）」とあるのは、「当該負担金の額を控除した額。次項において同じ。）に、当該特定施設の新築又は改築の工事で機構が承継した国の水資源開発事業に係るものにつき国が要した費用で治水関係用途に係るものの額から、当該工事のうち既に国土交通大臣が行った工事に要した費用で治水関係用途に係るものの額を控除した額を加えて得た額」として、同項（前項において読み替えて適用する場合を含む。次項において同じ。）の規定を適用するものとする。

法第21条第3項の規定による都道府県の負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該都道府県が当該事業に係る河川法第60条第1項の負担金を納付しており、かつ、当該納付した額が、当該事業のうち既に国土交通大臣が行った事業につき同項の規定により当該都道府県が負担すべき負担金の額を超えているときは、当該都道府県の法第21条第3項の規定による負担金の額は、第2項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額から当該超えている額を控除した額とする。

法第21条第3項の規定による都道府県の負担金の納付の方法は、国土交通大臣が定めるところによる。

法第22条第1項の特定施設の操作、維持、修繕その他の管理に要する費用の範囲は、操作費、維持修繕費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費とし、同項の特定施設についての災害復旧工事に要する費用の範囲は、本工事費、附帯工事費、用地費、補償費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費とする。

前項に規定する特定施設についての災害復旧工事に要する費用には、国土交通大臣が特別の事情があると認める応急工事費、応急工事に使用した材料で復旧工事に使用できるものに要した費用及び仮締切、瀬替えその他復旧工事に必要な仮設工事に要する費用を含むものとする。

法第22条第1項の交付金の額は、次の式により算出した額とする。ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、国土交通大臣は、関係行政機関の長に協議して、別に法第22条第1項の交付金の額を定めることができる。Ｍ×Ｐｆ÷Ｃこの式において、Ｍ、Ｃ及びＰｆは、それぞれ次の数値を表すものとする。Ｍ　特定施設の操作、維持、修繕その他の管理に要する費用及び特定施設についての災害復旧工事に要する費用で前条に規定するものの額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）一　次に掲げる固定資産に係る固定資産税又は都市計画税の納付に要する費用（以下「ダムに係る固定資産税等の納付に要する費用」という。）で当該特定施設に係るものの額イ　ダム（ダムと一体となってその効用を全うする施設及び工作物を含む。）の用に供する固定資産ロ　堰、湖沼水位調節施設及び水路施設の用に供する土地ハ　ロの施設の操作又は監視の用に供する土地二河川法第66条、第67条又は第68条第2項の規定により機構以外の者が負担すべき費用の額三　当該特定施設のうち発電に係る部分の操作、維持、修繕その他の管理又は当該部分についての災害復旧工事を機構に委託した者が負担すべき費用の額Ｃ　当該特定施設の新築又は改築に要する費用の額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）一　当該特定施設の新築又は改築に要する費用に係る第20条の利息の額二　当該特定施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合における当該事業の縮小に係る不要支出額（前号に掲げる額を除く。）三　当該特定施設の新築又は改築に関する事業に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の当該特定施設に係る費用の負担について第30条第2項の規定により算出した額（第1号に掲げる額を除く。）四法第27条の規定により機構が負担させる費用の額五河川法第66条、第67条又は第68条第2項の規定により機構以外の者が負担すべき費用の額六　当該特定施設のうち発電に係る部分の新築又は改築を機構に委託した者が負担すべき費用の額Ｐｆ　第21条第1項の規定により算出した法第21条第1項の交付金の額（第20条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）。この場合において、第21条第1項第3号中「法第13条第1項の事業実施計画の変更の場合であって当該変更前に」とあるのは、「当該特定施設の新築又は改築に関する事業に」とする。

法第22条第3項の規定により同条第1項の交付金の一部を負担する都道府県は、当該特定施設に係る法第21条第1項の交付金の一部を負担する都道府県とする。

法第22条第3項の規定により都道府県が負担する負担金の額は、同条第1項の交付金（当該特定施設の災害復旧工事で公共土木施設災害復旧事業費国庫負担法（以下この項及び次条において「負担法」という。）第2条第1項に規定する災害に係るもの（次条第2号から第6号までに掲げるものを除く。）に要する費用に限る。）の額から事務取扱費の額を控除した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める割合を乗じて得た額とする。

法第22条第3項の規定による都道府県の負担金の納付の方法は、国土交通大臣が定めるところによる。

法第22条第5項の政令で定める費用は、次に掲げる災害復旧工事に要する費用とする。

法第24条第1項の規定により同項の流水をかんがいの用に供する者が負担する負担金の額は、国土交通大臣の定めるところにより、その者の受ける利益の程度に応じて、次の式により算出した額を都道府県知事が配分した金額及びその金額に対応する利息の額とする。Ｐｆ×Ｒａ÷Ｒｆ×１÷１０この式において、Ｐｆ、Ｒｆ及びＲａは、それぞれ次の数値を表すものとする。Ｐｆ　第21条第1項から第3項までの規定により算出した法第21条第1項の交付金の額（第20条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）Ｒｆ　治水関係用途に係る特定多目的ダム方式負担割合Ｒａ　かんがいの用途に係る特定多目的ダム方式負担割合

法第24条第1項の負担金は、元利均等年賦支払の方法（当該負担金の徴収を受ける者の申出があるときは、その負担金の全部又は一部について、一時支払の方法）により支払わせるものとする。

前項の元利均等年賦支払の支払期間は、当該特定施設の新築又は改築の工事が完了した年度（当該特定施設の利用に係るかんがい施設の新設又は拡張であって機構の業務又は土地改良法による国営土地改良事業若しくは都道府県営土地改良事業として行われるものがある場合において、当該かんがい施設の新設又は拡張の工事が当該年度までに完了しないときは、当該かんがい施設の新設又は拡張の工事が完了した年度）の翌年度から起算して十五年を下らない範囲内で国土交通大臣が定める期間とし、その利子率は、当該特定施設の新築又は改築に要する費用の財源とされる借入金の利子率を基礎として国土交通大臣が定める率とする。ただし、当該特定施設の新築又は改築の工事及び当該かんがい施設の新設又は拡張の工事が完了する以前において、当該特定施設を利用して流水をかんがいの用に供することにより受けるべき利益のすべてを受けている者があるときは、当該負担金に係る元利均等年賦支払の支払期間は、その利益のすべてが発生した年度の翌年度以後において都道府県知事が指定する年度から起算するものとする。

前二項に規定するもののほか、法第24条第1項の負担金の徴収に関し必要な事項は、当該負担金を徴収する都道府県知事が定めるものとする。

法第25条第1項の水資源開発施設の新築又は改築に要する費用の範囲は、実施計画調査費、本工事費、附帯工事費、用地費、補償費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費（これらの費用につき支払うべき利息があるときは、当該利息を含む。）とする。

法第25条第1項の規定により水資源開発施設を利用して流水を水道又は工業用水道の用に供する者が当該水資源開発施設の新築又は改築につき負担する負担金（以下「水道等負担金」という。）の額は、次に掲げる額を合算した額にその者に当該水資源開発施設を利用させることにつき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額を加えた額並びにその額に対応する前条の利息の額とする。

水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（水道若しくは工業用水道の用途に係る部分の縮小又は事業からの撤退に伴う場合に限る。）において、水道又は工業用水道の用途に係る部分を縮小した者の水道等負担金の額は、前項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額を加えた額とし、法第25条第1項の規定により事業からの撤退をした者が当該水資源開発施設の新築又は改築につき負担する負担金（以下「水道等撤退負担金」という。）の額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額とする。ただし、これらにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、主務大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。

水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合において、流水を水道又は工業用水道の用に供する者の水道等共同施設に係る費用の負担についての第1項第2号に掲げる額に当該者に当該水道等共同施設を利用させることにつき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額の合計額からその額に含まれる機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を控除した額を加えた額が、当該者の投資可能限度額（当該者が水道又は工業用水道の用途に係る部分を縮小したときは、当該者の当該用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該者の投資可能限度額）を超えるときは、当該者に係る水道等負担金の額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から、当該超える額及びその額に対応する前条の利息の額に相当する額を控除した額とする。

機構が承継した国の水資源開発事業に係る水道等負担金又は水道等撤退負担金の額は、当該水道等負担金又は水道等撤退負担金を負担すべき者が当該事業につき国に納付した金額があるときは、前三項の規定にかかわらず、これらの規定により算定した額から当該国に納付した額を控除した額とする。

法第35条の規定による補助金がある場合における水道等負担金又は水道等撤退負担金の額は、前各項の規定にかかわらず、これらに規定する額から当該補助金でその者に係るものの額を控除した額とする。

水道等負担金の支払方法は、当該負担金の全部又は一部につき割賦支払、一時支払又は当該年度支払の方法のうちから、水道等撤退負担金の支払方法は、割賦支払又は一時支払の方法のうちから、機構が定めるものとする。

機構は、前項の規定により割賦支払の方法によることとするときは、併せて支払期間及びその始期、元利支払の方法並びに利子率を定めなければならない。

機構は、第1項の規定により水道等負担金の一部を割賦支払、一時支払又は当該年度支払の方法によることとするときは、併せて当該方法により支払う部分（一時支払の方法にあっては、当該方法により支払う部分及びその支払時期）を定めなければならない。

機構は、前三項の規定により支払方法その他の事項を定めようとするときは、あらかじめ、水道等負担金又は水道等撤退負担金を負担すべき者と協議するとともに、国土交通大臣及び主務大臣の認可を受けなければならない。これらを変更するときも、同様とする。

水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が廃止された場合において、法第25条第2項の規定により流水を水道又は工業用水道の用に供しようとしていた者（当該事業の廃止前に事業からの撤退をした者を除く。以下この条において同じ。）が同項に規定する費用につき負担する負担金の額は、次に掲げる額を合算した額及びその額に対応する第29条の利息の額（法第35条の規定による補助金があるときは、当該補助金でその者に係るものの額を控除した額）とする。ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、主務大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。

前条第1項（水道等撤退負担金に係る部分に限る。）、第2項及び第4項の規定は、前項の負担金の支払方法について準用する。この場合において、同条第4項中「水道等負担金又は水道等撤退負担金」とあるのは、「次条第1項の負担金」と読み替えるものとする。

法第25条第1項の規定により水資源開発施設を利用して流水をかんがいの用に供する者の組織する土地改良区が当該水資源開発施設の新築又は改築につき負担する負担金（以下「土地改良区負担金」という。）の額は、当該土地改良区の地区をその区域に含む都道府県に係る都道府県農業分担額（当該新築又は改築について法第35条の規定による補助金があるときは、当該補助金で当該都道府県に係るものの額を控除した額）から、当該新築又は改築についての法第26条第1項の規定による当該都道府県の負担金の額（第29条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）を控除した額（当該都道府県の区域内にその地区がある土地改良区で土地改良区負担金を負担すべきものが二以上ある場合においては、その額に、それぞれの土地改良区の組合員が当該水資源開発施設により受ける利益を勘案して、当該土地改良区につき機構が定める割合を乗じて得た額）及びその額に対応する第29条の利息の額とする。

前項の都道府県農業分担額は、法第26条第1項の規定により水資源開発施設の新築又は改築に要する費用を負担すべき都道府県ごとに定められるものとし、その都道府県ごとの額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額とする。

水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（かんがい排水の用途に係る部分の縮小に伴う場合に限る。）における第1項の都道府県農業分担額は、前項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額を加えた額とする。ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、主務大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。

水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（水道若しくは工業用水道に係る部分の縮小又は事業からの撤退に伴う場合に限る。）において、かんがい排水の用途について第2項第1号ロの規定により算出した額が、当該用途に係る投資可能限度額（かんがい排水の用途に係る部分の縮小があったときは、当該用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該用途に係る投資可能限度額）を超える場合には、第1項の都道府県農業分担額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から、当該超える額に相当する額を控除した額とする。

土地改良区負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業につき、当該土地改良区負担金を負担すべき土地改良区が土地改良法第90条第4項の規定により都道府県に納付した額（当該土地改良区の組合員が同条第2項の規定により都道府県に納付した額を含む。以下「土地改良区等納付金」という。）があるときは、当該土地改良区負担金の額は、第1項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額から当該土地改良区等納付金を控除した額とする。

土地改良区負担金の支払方法は、元利均等年賦支払の方法（据置期間中の各年度に係る利息については、当該年度支払の方法）とする。ただし、当該負担金を負担する土地改良区の申出があるときは、その負担金の全部又は一部につき一時支払又は当該年度支払の方法によるものとする。

前項の元利均等年賦支払の支払期間（据置期間を含む。）は、当該水資源開発施設の新築又は改築の工事が完了した年度の翌年度から起算して機構が定める期間とし、その利子率は、機構が定めるものとする。

機構は、前項の規定により支払期間及び利子率を定めようとするときは、あらかじめ、土地改良区負担金を負担する土地改良区と協議するとともに、国土交通大臣及び主務大臣の認可を受けなければならない。これらを変更するときも、同様とする。

第2項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合には、当該各号に規定する部分の負担金についての元利均等年賦支払の支払期間は、それぞれ当該各号に定める年度から起算するものとする。

前項第2号の規定により指定工事を指定する場合には、法第13条第1項の事業実施計画において、当該指定工事に関し、施設の位置及び概要、受益地の区域、工期並びに費用及びその負担方法を記載しなければならない。

第2項の規定にかかわらず、土地改良区負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業を行うにつき国が要した費用のうちに国が一般会計において支出した費用（国庫が負担すべきものを除く。）があるときは、当該土地改良区負担金のうちその費用の額に応じ主務大臣が定めた額の負担金の利子率は、年五分とする。

法第25条第1項の水資源開発施設の管理に要する費用及び同条第3項の愛知豊川用水施設の管理に要する費用の範囲は、操作費、維持修繕費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費（これらの費用につき支払うべき利息があるときは、当該利息を含む。）とし、同条第1項の水資源開発施設についての災害復旧工事に要する費用及び同条第3項の愛知豊川用水施設についての災害復旧工事に要する費用の範囲は、本工事費、附帯工事費、用地費、補償費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費（これらの費用につき支払うべき利息があるときは、当該利息を含む。）とする。

第23条第2項の規定は、前項の災害復旧工事に要する費用について準用する。この場合において、同条第2項中「国土交通大臣」とあるのは、「主務大臣」と読み替えるものとする。

法第25条第1項の規定により水資源開発施設を利用して流水を水道又は工業用水道の用に供する者が当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の額は、次の式により算出した額にその者のために行う当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事につき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額を加えた額並びにその額に対応する前条第1項の利息の額とする。ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、主務大臣は、関係行政機関の長に協議し、かつ、当該負担金を負担する者の意見を聴いて、別に負担金の額を定めることができる。Ｍ×Ｐｗｌ÷Ｃ＋Ｔ×Ｐｗｌ÷シグマ（Ｐｗｉ）この式において、Ｍ、Ｃ、Ｐｗｌ、Ｔ及びＰｗｉは、それぞれ次の数値を表すものとする。Ｍ　当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用で前条に規定するものの額（消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）一　当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用に係る前条第1項の利息の額二　ダムに係る固定資産税等の納付に要する費用で当該水資源開発施設に係るものの額三河川法第66条、第67条又は第68条第2項の規定により機構以外の者が負担すべき費用の額Ｃ　当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用の額（消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）一　当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用に係る第29条の利息の額二　当該水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合における当該事業の縮小に係る不要支出額（前号に掲げる額を除く。）三　当該水資源開発施設の新築又は改築に関する事業に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の当該水資源開発施設に係る費用の負担について第30条第2項の規定により算出した額（第1号に掲げる額を除く。）四法第27条の規定により機構が負担させる費用の額五河川法第66条、第67条又は第68条第2項の規定により機構以外の者が負担すべき費用の額Ｐｗｌ　その者について第30条第1項各号に掲げる額を合算した額。この場合において、同項第1号ロ及び第2号ロ中「法第13条第1項の事業実施計画の変更の場合であって当該変更前に」とあるのは、「当該水資源開発施設の新築又は改築に関する事業に」とする。Ｔ　ダムに係る固定資産税等の納付に要する費用で当該水資源開発施設に係るものの額Ｐｗｉ　流水を水道又は工業用水道の用に供する者について第30条第1項各号に掲げる額を合算した額。この場合において、同項第1号ロ及び第2号ロ中「法第13条第1項の事業実施計画の変更の場合であって当該変更前に」とあるのは、「当該水資源開発施設の新築又は改築に関する事業に」とする。

法第25条第3項の規定により愛知豊川用水施設を利用して流水を発電、水道又は工業用水道の用に供する者が当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の額は、次の式により算出した額にその者のために行う当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事につき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額を加えた額並びにその額に対応する前条第1項の利息の額とする。Ｍ×Ｒ＋Ｔこの式において、Ｍ、Ｒ及びＴは、それぞれ次の数値を表すものとする。Ｍ　当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に要する費用の額（消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）一　当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に要する費用に係る前条第1項の利息の額二　ダムに係る固定資産税等の納付に要する費用で当該愛知豊川用水施設に係るものの額Ｒ　その者が当該愛知豊川用水施設により受ける利益及びその者が当該愛知豊川用水施設を利用する態様を勘案し、かつ、その者の意見を聴いて農林水産大臣が定める割合Ｔ　ダムに係る固定資産税等の納付に要する費用で当該愛知豊川用水施設に係るものの額のうち、その者の意見を聴いて農林水産大臣が定める額

前条の規定により水資源開発施設又は愛知豊川用水施設の管理につき負担する負担金の支払方法は、当該年度支払の方法によるものとする。

前条の規定により水資源開発施設又は愛知豊川用水施設の災害復旧工事につき負担する負担金の支払方法は、当該負担金の全部又は一部につき、割賦支払、一時支払又は当該年度支払の方法のうちから、機構が定めるものとする。

機構は、前項の規定により割賦支払の方法によることとするときは、併せて支払期間及びその始期、元利支払の方法並びに利子率を定めなければならない。

機構は、第2項の規定により当該負担金の一部を割賦支払、一時支払又は当該年度支払の方法によることとするときは、併せて当該方法により支払う部分（一時支払の方法にあっては、当該方法により支払う部分及びその支払時期）を定めなければならない。

機構は、前三項の規定により支払方法その他の事項を定めようとするときは、あらかじめ、当該負担金を負担すべき者と協議するとともに、国土交通大臣及び主務大臣の認可を受けなければならない。これらを変更するときも、同様とする。

法第25条第1項の規定により水資源開発施設を利用して流水をかんがいの用に供する者の組織する土地改良区が当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の額は、次の式により算出した額（当該土地改良区の地区を含む都道府県の区域内に当該管理又は災害復旧工事についての同項の規定による負担金を負担すべき土地改良区が二以上ある場合においては、当該算出した額に、それぞれの土地改良区の組合員が当該水資源開発施設により受ける利益を勘案して、当該土地改良区につき機構が定める割合を乗じて得た額）及びその額に対応する第35条第1項の利息の額とする。Ｍ×Ｒ−Ｓ−Ｐａこの式において、Ｍ、Ｒ、Ｓ及びＰａは、それぞれ次の数値を表すものとする。Ｍ　当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用の額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）一　当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用に係る第35条第1項の利息の額二　ダムに係る固定資産税等の納付に要する費用の額で当該水資源開発施設に係るものの額Ｒ　当該土地改良区の地区をその区域に含む都道府県に係る第40条第1項の災害復旧工事等都道府県農業分担割合Ｓ　当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事について国の補助金がある場合にあっては当該補助金で当該土地改良区の地区をその区域に含む都道府県に係るものの額、当該補助金がない場合にあっては零Ｐａ法第26条第1項の規定による土地改良区の地区をその区域に含む都道府県の負担金の額（第35条第1項の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）

法第25条第3項の規定により愛知豊川用水施設を利用して流水をかんがいの用に供する者の組織する土地改良区が当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の額は、当該土地改良区の地区をその区域に含む県に係る災害復旧工事等県農業分担額（当該管理又は災害復旧工事について国の補助金があるときは、当該補助金で当該県に係るものの額を控除した額）から、当該管理又は災害復旧工事についての法第26条第1項の規定による当該県の負担金の額（第35条第1項の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）を控除した額（当該県の区域内にその地区のある土地改良区で当該管理又は災害復旧工事についての法第25条第3項の規定による負担金を負担すべきものが二以上ある場合においては、その額に、それぞれの土地改良区の組合員が当該愛知豊川用水施設により受ける利益を勘案して、当該土地改良区につき機構が定める割合を乗じて得た額）及びその額に対応する第35条第1項の利息の額とする。

前項の災害復旧工事等県農業分担額は、法第26条第1項の規定により愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に要する費用を負担すべき県ごとに定められるものとし、その県ごとの額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額とする。

第34条第1項から第3項までの規定は、第1項又は第2項の負担金の支払方法について準用する。この場合において、同条第3項中「土地改良区負担金」とあるのは、「第38条第1項又は第2項の負担金」と読み替えるものとする。

法第26条第1項の都道府県に負担させる負担金で水資源開発施設の新築又は改築に係るものの額は、当該都道府県に係る第33条第1項の都道府県農業分担額（同条第3項に規定する場合にあっては、農林水産大臣が当該都道府県知事の意見を聴いて定める額に限り、当該新築又は改築について法第35条の規定による補助金があるときは、第53条第3項の規定により算定された補助金で当該都道府県に係るものの額を控除した額）に百分の六十九（当該都道府県が、当該新築又は改築についての法第25条第1項の規定による負担金を負担する土地改良区でその地区が当該都道府県の区域内にあるものと協議して別に割合を定めて機構に申し出たときは、その申し出た割合）を乗じて得た額（当該都道府県が適用団体である場合には、第53条第4項の規定により加算される補助金の額で当該都道府県に係るものの額を控除した額）及びその額に対応する第29条の利息の額とする。

前項に規定する都道府県の負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業につき土地改良区等納付金があるときは、当該都道府県の負担金の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に当該土地改良区等納付金を加算した額とする。

第1項に規定する都道府県の負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業につき当該都道府県が国に納付した金額があるときは、当該都道府県の負担金の額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から当該国に納付した額を控除した額とする。

第34条第1項から第5項までの規定は、第1項の都道府県の負担金の支払方法について準用する。この場合において、同条第1項ただし書中「当該負担金を負担する土地改良区」とあり、並びに同条第3項及び第4項第3号中「土地改良区負担金を負担する土地改良区」とあるのは「第39条第1項から第3項までの負担金を負担する都道府県」と、同号中「当該土地改良区」とあるのは「当該都道府県」と読み替えるものとする。

法第26条第2項の規定により市町村に負担させる負担金で水資源開発施設の新築又は改築に係るものは、前項の都道府県の支払方法に準拠して支払わせるものとする。

法第26条第1項の規定により都道府県に負担させる負担金で水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に係るものの額は、次の式により算出した額に百分の五十（当該都道府県が、当該管理又は災害復旧工事についての法第25条第1項の規定による負担金を負担する土地改良区でその地区が当該都道府県の区域内にあるものと協議して別に割合を定めて機構に申し出たときは、その申し出た割合）を乗じて得た額及びその額に対応する第35条第1項の利息の額とする。Ｍ×Ｒ−Ｓこの式において、Ｍ、Ｒ及びＳは、それぞれ次の数値を表すものとする。Ｍ　当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用の額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）一　当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用に係る第35条第1項の利息の額二　ダムに係る固定資産税等の納付に要する費用で当該水資源開発施設に係るものの額Ｒ　災害復旧工事等都道府県農業分担割合Ｓ　当該管理又は災害復旧工事について国の補助金がある場合にあっては当該補助金で当該都道府県に係るものの額、当該補助金がない場合にあっては零

前項の災害復旧工事等都道府県農業分担割合は、当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用の額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に対する当該都道府県に係る第33条第1項の都道府県農業分担額の割合とする。ただし、その割合によることが、当該水資源開発施設に係る他の用途との関係において著しく公平を欠くと認められるときは主務大臣が関係行政機関の長と協議して別に定める割合、法第26条第1項の規定により当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用を負担すべき他の都道府県との関係において著しく公平を欠くと認められるときは主務大臣が関係都道府県知事の意見を聴いて別に定める割合とする。

第34条第1項から第3項までの規定は、第1項の都道府県の負担金の支払方法について準用する。この場合において、同条第1項ただし書中「当該負担金を負担する土地改良区」とあり、及び同条第3項中「土地改良区負担金を負担する土地改良区」とあるのは、「第40条第1項の負担金を負担する都道府県」と読み替えるものとする。

法第26条第2項の規定により市町村に負担させる負担金で水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に係るものは、前項の都道府県の支払方法に準拠して支払わせるものとする。

法第26条第1項の規定により県に負担させる負担金で愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に係るものの額は、管理に係るものにあっては第1号に掲げる額に、災害復旧工事に係るものにあっては第2号に掲げる額に、それぞれ百分の五十（当該県が、当該管理又は災害復旧工事についての法第25条第3項の規定による負担金を負担する土地改良区でその地区が当該県の区域内にあるものと協議して別に割合を定めて機構に申し出たときは、その申し出た割合）を乗じて得た額及びその額に対応する第35条第1項の利息の額とする。

第34条第1項から第3項までの規定は、前項の県の負担金の支払方法について準用する。この場合において、同条第1項ただし書中「当該負担金を負担する土地改良区」とあり、及び同条第3項中「土地改良区負担金を負担する土地改良区」とあるのは、「第41条第1項の負担金を負担する県」と読み替えるものとする。

法第26条第2項の規定により市町村に負担させる負担金で愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に係るものは、前項の県の支払方法に準拠して支払わせるものとする。

法第27条の負担金を徴収する場合における負担金の徴収を受ける者の範囲及び徴収の方法については、特定多目的ダム法施行令第11条の2から第11条の5までの規定により特定多目的ダム法第9条第1項の負担金を徴収する場合の例による。

水資源債券は、無記名利札付きとする。

水資源債券の発行は、募集の方法による。

水資源債券の募集に応じようとする者は、水資源債券申込証にその引き受けようとする水資源債券の数及び住所を記載し、これに署名し、又は記名押印しなければならない。

社債、株式等の振替に関する法律（以下「社債等振替法」という。）の規定の適用がある水資源債券（次条第2項において「振替水資源債券」という。）の募集に応じようとする者は、前項の記載事項のほか、自己のために開設された当該水資源債券の振替を行うための口座（同条第2項において「振替口座」という。）を水資源債券申込証に記載しなければならない。

水資源債券申込証は、機構が作成し、これに次に掲げる事項を記載しなければならない。

前条の規定は、政府若しくは地方公共団体が水資源債券を引き受ける場合又は水資源債券の募集の委託を受けた会社が自ら水資源債券を引き受ける場合においては、その引き受ける部分については、適用しない。

前項の場合において、振替水資源債券を引き受ける政府若しくは地方公共団体又は振替水資源債券の募集の委託を受けた会社は、その引受けの際に、振替口座を機構に示さなければならない。

水資源債券の応募総額が水資源債券の総額に達しないときでも水資源債券を成立させる旨を水資源債券申込証に記載したときは、その応募額をもって水資源債券の総額とする。

水資源債券の募集が完了したときは、機構は、遅滞なく、各水資源債券についてその全額の払込みをさせなければならない。

機構は、前条の払込みがあったときは、遅滞なく、債券を発行しなければならない。ただし、水資源債券につき社債等振替法の規定の適用があるときは、この限りでない。

各債券には、第45条第3項第1号から第6号まで、第9号及び第10号に掲げる事項並びに番号を記載し、機構の理事長がこれに記名押印しなければならない。

機構は、主たる事務所に水資源債券原簿を備えて置かなければならない。

水資源債券原簿には、次に掲げる事項を記載しなければならない。

水資源債券を償還する場合において、欠けている利札があるときは、これに相当する金額を償還額から控除する。ただし、既に支払期が到来した利札については、この限りでない。

前項の利札の所持人がこれと引換えに控除金額の支払を請求したときは、機構は、これに応じなければならない。

機構は、法第32条第1項の規定により水資源債券の発行の認可を受けようとするときは、水資源債券の募集の日の二十日前までに次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。

前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。

水道に係る法第35条の規定による補助金の額は、当該水資源開発施設を利用して流水を水道の用に供し、又は供しようとしていた者について第30条第1項から第3項まで又は第32条第1項の規定により算出した額（第30条第2項又は第32条第1項の規定により算出した額にあっては、厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める額に限る。）から当該補助金の交付の決定の日までに本工事費、附帯工事費、用地費及び補償費につき生ずる第29条の利息以外の利息の額を控除した額を基礎とし、厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準により算定した額を合算した額の三分の一の額とする。ただし、当該水資源開発施設を利用して流水を水道の用に供する者につき、その者の負担すべき同項の負担金を減ずる必要があると認められる特別の事情がある場合は、二分の一の額とする。

工業用水道に係る法第35条の規定による補助金の額は、当該水資源開発施設を利用して流水を工業用水道の用に供し、又は供しようとしていた者について第30条第1項から第3項まで又は第32条第1項の規定により算出した額（第30条第2項又は第32条第1項の規定により算出した額にあっては、経済産業大臣が財務大臣と協議して定める額に限る。）から当該補助金の交付の決定の日までに本工事費、附帯工事費、用地費及び補償費につき生ずる第29条の利息以外の利息の額を控除した額を合算した額の百分の四十以内の額とする。

かんがい排水に係る法第35条の規定による補助金で水資源開発施設（かんがい特定施設を除く。）の新築又は改築に係るものの額は、法第26条第1項の規定により当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用を負担すべき都道府県に係る第33条第1項の都道府県農業分担額（同条第3項に規定する場合にあっては、農林水産大臣が財務大臣と協議して定める額に限る。次項において同じ。）を合算した額に、百分の七十を超えない範囲内で農林水産大臣が財務大臣と協議して定める割合を乗じて得た額とする。

前項の水資源開発施設の新築又は改築につき法第26条第1項の規定により当該新築又は改築に要する費用を負担する都道府県に適用団体であるものがある場合においては、前項の規定による補助金の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により算定した額に、次の式により算出した額を加算した額とする。ただし、その額を加算したことにより、当該適用団体である都道府県について第39条第1項の規定により算出された負担金の額（第29条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）の当該適用団体である都道府県に係る都道府県農業分担額に対する割合が十分の一以下となる場合においては、当該適用団体である都道府県に係る加算額は、当該割合が十分の一となるように算定される額とする。Ａ×Ｒ×（ｒ−１）この式において、Ａ、Ｒ及びｒは、それぞれ次の数値を表すものとする。Ａ　当該適用団体である都道府県に係る第33条第1項の都道府県農業分担額Ｒ　前項の規定により農林水産大臣が定める割合ｒ　引上率

第3項に規定する補助金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合においては、当該補助金の額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算定された額から、当該機構が承継した国の水資源開発事業を行うにつき国が要した費用の額のうち農林水産大臣が財務大臣と協議して定める額を控除した額とする。

かんがい排水に係る法第35条の規定による補助金で当該水資源開発施設（かんがい特定施設を除く。）の災害復旧工事に係るものの額は、法第26条第1項の規定により当該水資源開発施設の災害復旧工事に要する費用を負担すべき都道府県ごとに当該費用の額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、当該都道府県が同項の規定により負担すべき当該水資源開発施設の災害復旧工事に要する費用に係る第35条第1項の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）に当該都道府県に係る第40条第1項の災害復旧工事等都道府県農業分担割合を乗じて得た額を合算した額に、百分の六十五以上において農林水産大臣が財務大臣と協議して定める割合を乗じて得た額とする。

前各項に規定する補助金の交付の方法は、第1項に規定する補助金に係るものにあっては厚生労働大臣、第2項に規定する補助金に係るものにあっては経済産業大臣、第3項から前項までに規定する補助金に係るものにあっては農林水産大臣が定める。

法第35条の規定による補助金で愛知豊川用水施設の災害復旧工事に係るものの額は、法第26条第1項の規定により当該愛知豊川用水施設の災害復旧工事に要する費用を負担すべき県ごとの第38条第2項の災害復旧工事等県農業分担額を合算した額に、百分の六十五以上において農林水産大臣が財務大臣と協議して定める割合を乗じて得た額とする。

前項に規定する補助金の交付の方法は、農林水産大臣が定める。

法第37条第2項第2号の政令で定める多目的用水路は、法第2条第4項の多目的ダムと一体として新築、改築、管理その他の業務が行われる多目的用水路とする。

法第37条第2項第4号に規定する業務に関する主務大臣は、当該業務の目的に従って、当該業務の対象となる施設ごとに、厚生労働省令・農林水産省令・経済産業省令・国土交通省令で定めるところにより、厚生労働大臣、農林水産大臣、経済産業大臣又は国土交通大臣とする。

法第42条第2項の規定により読み替えて適用する独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第28条第3項、第29条第3項、第30条第3項及び第35条第2項の規定により意見を聴くべき独立行政法人評価委員会は、次の各号に掲げる業務の区分に応じて、当該各号に定める独立行政法人評価委員会とする。

法第42条第3項の規定により意見を聴くべき独立行政法人評価委員会は、前項第1号から第3号までに掲げる業務の区分に応じて、当該各号に定める独立行政法人評価委員会とする。

次の法令の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。

前項の規定により次の表の上欄に掲げる法令の規定を準用する場合においては、これらの規定中の字句で同表の中欄に掲げるものは、それぞれ同表の下欄の字句と読み替えるものとする。

土地収用法第21条第1項（同法第138条第1項及び公共用地の取得に関する特別措置法第8条（同法第45条において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）	行政機関若しくはその地方支分部局の長	独立行政法人水資源機構
土地収用法第21条第2項（同法第138条第1項及び公共用地の取得に関する特別措置法第8条（同法第45条において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）	行政機関又はその地方支分部局の長	独立行政法人水資源機構
土地収用法第122条第1項ただし書（同法第138条第1項において準用する場合を含む。）	当該事業の施行について権限を有する行政機関又はその地方支分部局の長	独立行政法人水資源機構
不動産登記令第7条第2項並びに船舶登記令第13条第2項及び第27条第2項	命令又は規則により指定された官庁又は公署の職員	独立行政法人水資源機構の理事長が指定し、その旨を官報により公告した独立行政法人水資源機構の役員又は職員

勅令及び政令以外の命令であって国土交通省令で定めるものについては、国土交通省令で定めるところにより、機構を国の行政機関とみなして、これらの命令を準用する。

第27条並びに第28条第2項ただし書及び第3項の規定により都道府県が処理することとされている事務は、地方自治法第2条第9項第1号に規定する第1号法定受託事務とする。